New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	= 1601454	NA (NA)	10 (0.110)	7/146	NT	100%	coding (139/177 nt)	USA300TCH1516_01480	hypothetical protein
	?	USA300TCH1516_ALE	= 1601498	0 (0.000)					coding (95/177 nt)	USA300TCH1516_01480	hypothetical protein

AGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT  >  USA300TCH1516_ALE/1601402‑1601498                                                     |                                             aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT        >  1:1239716‑M2/1‑91 (MQ=255) aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT        >  1:874182‑M2/1‑91 (MQ=255) aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT        <  1:834786‑M2/91‑1 (MQ=255) aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT        <  1:834728‑M2/91‑1 (MQ=255) aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT        >  1:4136891‑M2/1‑91 (MQ=255) aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT        >  1:4136365‑M2/1‑91 (MQ=255) aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT        <  1:2403935‑M2/91‑1 (MQ=255) aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT        <  1:270408‑M2/91‑1 (MQ=255) aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT        >  1:3884963‑M2/1‑91 (MQ=255) aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT        >  1:3884685‑M2/1‑91 (MQ=255) aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT        <  1:3328089‑M2/91‑1 (MQ=255)  gTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTA       <  1:1745191‑M2/91‑1 (MQ=255)  gTCCTTATCCATATTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTA       <  1:3180949‑M2/91‑1 (MQ=255)   tCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAA      <  1:1315867‑M2/91‑1 (MQ=255)   tCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAA      <  1:1316446‑M2/91‑1 (MQ=255)    ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC     >  1:2789273‑M2/1‑91 (MQ=255)    ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC     >  1:2789066‑M2/1‑91 (MQ=255)    ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC     >  1:2783570‑M2/1‑91 (MQ=255)    ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC     >  1:206895‑M2/1‑91 (MQ=255)     cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT    >  1:3633309‑M2/1‑91 (MQ=255)     cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT    <  1:1786045‑M2/91‑1 (MQ=255)      ttATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTG   <  1:3761238‑M2/91‑1 (MQ=255)      ttATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGACAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTG   <  1:3320508‑M2/91‑1 (MQ=255)       tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT  <  1:523984‑M2/91‑1 (MQ=255)       tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT  <  1:531364‑M2/91‑1 (MQ=255)       tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT  >  1:786952‑M2/1‑91 (MQ=255)       tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT  >  1:162063‑M2/1‑91 (MQ=255)       tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT  <  1:1350504‑M2/91‑1 (MQ=255)                                                     |                                             AGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT  >  USA300TCH1516_ALE/1601402‑1601498

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.