| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1601454 | NA (NA) | 10 (0.110) | 7/146 | NT | 100% | coding (139/177 nt) | USA300TCH1516_01480 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1601498 | 0 (0.000) | coding (95/177 nt) | USA300TCH1516_01480 | hypothetical protein | |||||
TATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTTTCTTCGT > USA300TCH1516_ALE/1601408‑1601588 | tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT > 1:786952‑M2/1‑91 (MQ=255)tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT < 1:531364‑M2/91‑1 (MQ=255)tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT < 1:1350504‑M2/91‑1 (MQ=255)tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT < 1:523984‑M2/91‑1 (MQ=255)tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT > 1:162063‑M2/1‑91 (MQ=255) taaataatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagcttggTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTcc > 1:1490455‑M2/52‑91 (MQ=255) taatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGt > 1:290635‑M2/46‑91 (MQ=255) aatcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGtc > 1:1527744‑M2/45‑91 (MQ=255) tcaatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGtctc > 1:3810080‑M2/43‑91 (MQ=255) caatacagttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTctct > 1:3011391‑M2/42‑91 (MQ=255) aCAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCCGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagccctctggattttaagatggata < 1:1688943‑M2/91‑48 (MQ=255) cAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataa < 1:2812328‑M2/91‑49 (MQ=255) agttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGtat > 1:3096105‑M2/36‑91 (MQ=255) agttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGtat > 1:3095659‑M2/36‑91 (MQ=255) ttaccaagctgacaaggtaggacttgccagtgaTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTatat > 1:3102191‑M2/34‑91 (MQ=255) ttATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACCGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataagga < 1:3513802‑M2/91‑52 (MQ=255) tATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTGACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggac < 1:307167‑M2/91‑53 (MQ=255) tATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggac < 1:3490513‑M2/91‑53 (MQ=255) tATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggac < 1:2530304‑M2/91‑53 (MQ=255) aTCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggact < 1:1207332‑M2/91‑54 (MQ=255) aTCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggact < 1:2908571‑M2/91‑54 (MQ=255) cACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactat < 1:768453‑M2/91‑56 (MQ=255) cACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAG‑‑TGATAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcg > 1:2517509‑M2/1‑34 (MQ=255) ggtgACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAAGCATCTTTAAttt < 1:3205842‑M2/87‑1 (MQ=255) tAACTGTtaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatg > 1:2072189‑M2/1‑7 (MQ=255) aaCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgt < 1:2330862‑M2/91‑86 (MQ=255) aaCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgt < 1:601236‑M2/91‑86 (MQ=255) aaCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgt < 1:3829107‑M2/91‑86 (MQ=255) aaCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgt < 1:3788847‑M2/91‑86 (MQ=255) aaCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgt > 1:1613694‑M2/1‑6 (MQ=255) aaCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgt < 1:3086038‑M2/91‑86 (MQ=255) AACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttc < 1:3675457‑M2/91‑1 (MQ=255) aCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtc < 1:1870301‑M2/91‑87 (MQ=255) aCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtc < 1:2523905‑M2/91‑87 (MQ=255) aCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtc < 1:3427924‑M2/91‑87 (MQ=255) aCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtc > 1:4107300‑M2/1‑5 (MQ=255) aCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtc < 1:3924615‑M2/91‑87 (MQ=255) aCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggacgatcgttattcttgtcacctttaacgttaatgtc > 1:1253843‑M2/1‑5 (MQ=255) ACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttct < 1:1372310‑M2/91‑1 (MQ=255) ACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttct < 1:253866‑M2/91‑1 (MQ=255) cTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcg > 1:1409259‑M2/1‑4 (MQ=255) CTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttctt < 1:3525360‑M2/91‑1 (MQ=255) CTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttctt < 1:2631380‑M2/91‑1 (MQ=255) TGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttcttc < 1:1983545‑M2/91‑1 (MQ=255) TGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttcttc < 1:1935184‑M2/91‑1 (MQ=255) TGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttcttc < 1:3519291‑M2/91‑1 (MQ=255) TGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttcttc < 1:4024848‑M2/91‑1 (MQ=255) TGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttcttc < 1:4030865‑M2/91‑1 (MQ=255) TGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttcttc < 1:1443815‑M2/91‑1 (MQ=255) TGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttcttc > 1:1144797‑M2/1‑91 (MQ=255) TGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGGATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttcttc < 1:3597167‑M2/91‑1 (MQ=255) TGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGAGTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTttcttc < 1:3519174‑M2/91‑1 (MQ=255) gTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaa < 1:525831‑M2/91‑90 (MQ=255) gTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaa < 1:2055270‑M2/91‑90 (MQ=255) tcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaaa > 1:3873937‑M2/1‑1 (MQ=255) tcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaaa < 1:2524762‑M2/91‑91 (MQ=255) | TATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTTTCTTCGT > USA300TCH1516_ALE/1601408‑1601588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |