| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1623534 = | 91 (0.930) | 6 (0.070) | 5/138 | NT | 7.8% | intergenic (+19/+64) | marA/malL | Multiple antibiotic resistance protein MarA/Oligo‑1,6‑glucosidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1623587 = | 63 (0.740) | intergenic (+72/+11) | marA/malL | Multiple antibiotic resistance protein MarA/Oligo‑1,6‑glucosidase | |||||
ACGTCCATATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATATTAGGGGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1623634‑1623534‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tattagggggcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAGCTT > USA300TCH1516_ALE/1623587‑1623675 ACGTCCATATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATAT < 1:1437679/91‑1ACGTCCATATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATAT > 1:3819879/1‑91ACGTCCATATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATAT < 1:3149243/91‑1 CGTCCATATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATA < 1:1268684/91‑1 GTCCATATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATAT > 1:2383929/1‑91 TCCATATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATATT < 1:3606277/91‑1 CATATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATATTAG > 1:2098543/1‑91 ATATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATATTAGG < 1:2824132/91‑1 TATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATATTAGGG < 1:1984902/91‑1 TATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATATTAGGG < 1:1985301/91‑1 TATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATATTAGGG < 1:3772341/91‑1 GCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATCGATATATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTC > 1:1529832/1‑91 AGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGT > 1:73757/1‑91 AGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGT > 1:2304185/1‑91 GAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTA > 1:3717255/1‑91 AAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTT > 1:3347154/1‑91 CTATAGATATATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGC > 1:4012523/1‑91 TATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATT > 1:2668703/1‑91 ATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTA < 1:1983831/91‑1 TTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAA < 1:3751320/91‑1 GGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATA < 1:3667607/91‑1 GGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATA < 1:3667858/91‑1 GGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAG > 1:1608045/1‑91 GGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAGCT < 1:407729/91‑1 GGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAGCT > 1:803473/1‑91 GCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAGCTT > 1:3526298/1‑91 GCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAGCTT < 1:4103762/91‑1 ACGTCCATATGAAGCATGTGTTATCGAACTAAATTAACATATTAATATGCCCCCTAATAGAATCTAAGGCCATTTGTAGACCTATAGATATATTAGGGGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1623634‑1623534‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tattagggggcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAGCTT > USA300TCH1516_ALE/1623587‑1623675 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |