| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1623534 = | 91 (0.930) | 6 (0.070) | 5/138 | NT | 7.8% | intergenic (+19/+64) | marA/malL | Multiple antibiotic resistance protein MarA/Oligo‑1,6‑glucosidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1623587 = | 63 (0.740) | intergenic (+72/+11) | marA/malL | Multiple antibiotic resistance protein MarA/Oligo‑1,6‑glucosidase | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CATTTAATGACCCATTCACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTT > USA300TCH1516_ALE/1623445‑1623623 | aagctatttaattatgatgccaaagttaatttaaaacagttacgtccatatgaagcatgtgttatcgaactaaattaacatattaatatGc > 1:3526298‑M1/90‑91 (MQ=255) agctatttaattatgatgccaaagttaatttaaaacagttacgtccatatgaagcatgtgttatcgaactaaattaacatattaatatGcc < 1:407729‑M1/3‑1 (MQ=255) agctatttaattatgatgccaaagttaatttaaaacagttacgtccatatgaagcatgtgttatcgaactaaattaacatattaatatGcc > 1:803473‑M1/89‑91 (MQ=255) aTTTAATGACCCATTCACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGcc > 1:1055738/1‑91 (MQ=255) tttAATGACCCATTCACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGTGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGccc > 1:80177/1‑91 (MQ=255) ctatttaattatgatgccaaagttaatttaaaacagttacgtccatatgaagcatgtgttatcgaactaaattaacatattaatatGcccc > 1:1608045‑M1/87‑91 (MQ=255) tatttaattatgatgccaaagttaatttaaaacagttacgtccatatgaagcatgtgttatcgaactaaattaacatattaatatGccccc < 1:3667858‑M1/6‑1 (MQ=255) tAATGACCCATTCACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGccccc < 1:1179406/91‑1 (MQ=255) ttaattatgatgccaaagttaatttaaaacagttacgtccatatgaagcatgtgttatcgaactaaattaacatattaatatGCCCCCTaa < 1:3751320‑M1/9‑1 (MQ=255) tGACCCATTCACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTaa < 1:937482/91‑1 (MQ=255) taattatgatgccaaagttaatttaaaacagttacgtccatatgaagcatgtgttatcgaactaaattaacatattaatatGCCCCCTAat < 1:1983831‑M1/10‑1 (MQ=255) gACCCATTCACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAat > 1:364489/1‑91 (MQ=255) aattatgatgccaaagttaatttaaaacagttacgtccatatgaagcatgtgttatcgaactaaattaacatattaatatGCCCCCTAata > 1:2668703‑M1/81‑91 (MQ=255) aCCCATTCACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAata < 1:259421/91‑1 (MQ=255) aCCCATTCACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAata < 1:3388231/91‑1 (MQ=255) ttCACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCt < 1:709842/91‑1 (MQ=255) ttCACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCt > 1:109219/1‑91 (MQ=255) ttCACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCt < 1:1858522/91‑1 (MQ=255) cACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCtat > 1:1938359/1‑91 (MQ=255) cACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCtat > 1:1766875/1‑91 (MQ=255) cACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCtat > 1:3712140/1‑91 (MQ=255) cACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCtat > 1:3712364/1‑91 (MQ=255) cACTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCtat > 1:3712549/1‑91 (MQ=255) gccaaagttaatttaaaacagttacgtccatatgaagcatgtgttatcgaactaaattaacatattaatatGCCCCCTAATATATCTATAg > 1:4012523‑M1/72‑91 (MQ=255) cTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAg > 1:3465327/1‑91 (MQ=255) cTAAAATTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAg > 1:1186764/1‑91 (MQ=255) aaaaTTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGt > 1:1519864/1‑91 (MQ=255) aaaaTTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGt < 1:1562493/91‑1 (MQ=255) aaaTTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTc > 1:2547212/1‑91 (MQ=255) aaTTCAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCt < 1:2903085/91‑1 (MQ=255) cAGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACaa < 1:3643690/91‑1 (MQ=255) aGCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACaaa < 1:2973483/91‑1 (MQ=255) gCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAAt < 1:853200/91‑1 (MQ=255) gCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAAt > 1:282837/1‑91 (MQ=255) gCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAAt > 1:3439612/1‑91 (MQ=255) gCTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAAt < 1:853262/91‑1 (MQ=255) cTTTGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATg < 1:3237159/91‑1 (MQ=255) tttGGATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATgg > 1:3611130/1‑91 (MQ=255) ggATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCt < 1:1731453/91‑1 (MQ=255) ggATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCt > 1:3777824/1‑91 (MQ=255) gATTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCtt > 1:3490442/1‑91 (MQ=255) aacagttacgtccatatgaagcatgtgttatcgaactaaattaacatattaatatGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCtt > 1:3347154‑M1/56‑91 (MQ=255) aTTCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTa < 1:274413/91‑1 (MQ=255) tCCTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGa > 1:703618/1‑91 (MQ=255) ccTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGAt > 1:200845/1‑91 (MQ=255) ccTGTTAAACAGAGTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGAt > 1:2830034/1‑91 (MQ=255) 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agagTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGCTTCTATTAggg > 1:3426032/1‑91 (MQ=255) gagTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAgggg > 1:2038061/1‑91 (MQ=255) gagTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAgggg > 1:2901278/1‑91 (MQ=255) agTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAggggg > 1:1033058/1‑91 (MQ=255) agTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAggggg > 1:3807821/1‑91 (MQ=255) agTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAggggg < 1:85021/91‑1 (MQ=255) gaagcatgtgttatcgaactaaattaacatattaatatGCCCCCTAATATATCGATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGc > 1:1529832‑M1/39‑91 (MQ=255) gTCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGc < 1:2441721/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |