BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	1623534 =	91 (0.930)	6 (0.070)	5/138	NT	7.8%	intergenic (+19/+64)	marA/malL	Multiple antibiotic resistance protein MarA/Oligo‑1,6‑glucosidase
*	?	USA300TCH1516_ALE	1623587 =	63 (0.740)	6 (0.070)	5/138	NT	7.8%	intergenic (+72/+11)	marA/malL	Multiple antibiotic resistance protein MarA/Oligo‑1,6‑glucosidase

Only 100 of 107 total aligned reads displayed.

TCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAGCTT  >  USA300TCH1516_ALE/1623497‑1623675

tCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCa                                                                                          <  1:675421/91‑1 (MQ=255)

 ccTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCat                                                                                         >  1:1808025/1‑91 (MQ=255)

 ccTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCat                                                                                         >  1:2702930/1‑91 (MQ=255)

  cTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCata                                                                                        <  1:404479/91‑1 (MQ=255)

  cTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCata                                                                                        <  1:404886/91‑1 (MQ=255)

   ttATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCatat                                                                                       >  1:1716873/1‑91 (MQ=255)

    tATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATAtt                                                                                      >  1:1021275/1‑91 (MQ=255)

    tATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATAtt                                                                                      <  1:982668/91‑1 (MQ=255)

       gACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAat                                                                                   >  1:1874730/1‑91 (MQ=255)

           aaGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGt                                                                               >  1:1104000/1‑91 (MQ=255)

           aaGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGt                                                                               <  1:845379/91‑1 (MQ=255)

            aGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGtt                                                                              <  1:2936023/91‑1 (MQ=255)

            aGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGtt                                                                              <  1:1775161/91‑1 (MQ=255)

               ttAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAAt                                                                           <  1:2323740/91‑1 (MQ=255)

               ttAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTCAAt                                                                           >  1:3344588/1‑91 (MQ=255)

                tAAATAATACAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAAtt                                                                          <  1:3724961/91‑1 (MQ=255)

                  aataatAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTa                                                                        >  1:3495858/1‑91 (MQ=255)

                  aataatAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTa                                                                        <  1:3440110/91‑1 (MQ=255)

                     aataaAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGtt                                                                     >  1:213237/1‑91 (MQ=255)

                      ataaAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTc                                                                    >  1:1026459/1‑91 (MQ=255)

                      ataaAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTc                                                                    >  1:148094/1‑91 (MQ=255)

                       taaATAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCg                                                                   <  1:3460173/91‑1 (MQ=255)

                        aaaaaaCAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGa                                                                  >  1:1593497/1‑91 (MQ=255)

                           aaaCAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATaa                                                               >  1:1731643/1‑91 (MQ=255)

                            aaCAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAac                                                              <  1:3412320/91‑1 (MQ=255)

                            aaCAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAac                                                              <  1:2510821/91‑1 (MQ=255)

                            aaCAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAac                                                              <  1:2510426/91‑1 (MQ=255)

                               aaaGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAAcaca                                                           <  1:1101088/91‑1 (MQ=255)

                                aagaagCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACAt                                                          <  1:391268/91‑1 (MQ=255)

                                aagaagCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACAt                                                          >  1:3313339/1‑91 (MQ=255)

                                aagaagCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACAt                                                          >  1:2287813/1‑91 (MQ=255)

                                 agaagCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATg                                                         >  1:4106109/1‑91 (MQ=255)

                                  gaagCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGc                                                        >  1:1312598/1‑91 (MQ=255)

                                  gaagCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGc                                                        <  1:1225831/91‑1 (MQ=255)

                                   aagCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCt                                                       >  1:690744/1‑91 (MQ=255)

                                   aagCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATACTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCt                                                       >  1:1153854/1‑91 (MQ=255)

                                    agCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCtt                                                      >  1:1637651/1‑91 (MQ=255)

                                    agCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCtt                                                      <  1:2100019/91‑1 (MQ=255)

                                    agCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCtt                                                      <  1:2100504/91‑1 (MQ=255)

                                    agCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCtt                                                      <  1:2101770/91‑1 (MQ=255)

                                    agCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCtt                                                      <  1:2912360/91‑1 (MQ=255)

                                     gccccctaatagaatctaaggccatttgtagacctatcgatatattagggggcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTc                                                     >  1:1529832‑M2/54‑91 (MQ=255)

                                        CCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCata                                                  <  1:1985301‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                        CCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCata                                                  <  1:1984902‑M1/91‑1 (MQ=255)

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                                          CTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATg                                                >  1:2098543‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                            AATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGa                                              <  1:3606277‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                             ATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGAc                                             >  1:2383929‑M1/1‑91 (MQ=255)

                                              TATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACg                                            <  1:1268684‑M1/91‑1 (MQ=255)

                                               agaatctaaggccatttgtagacctatagatatattagggggcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGt                                           >  1:73757‑M2/44‑91 (MQ=255)

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                                                tatCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTa                                          <  1:2188579/91‑1 (MQ=255)

                                                tatCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTa                                          <  1:2187569/91‑1 (MQ=255)

                                                gaatctaaggccatttgtagacctatagatatattagggggcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTa                                          >  1:3717255‑M2/43‑91 (MQ=255)

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                                                  tCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAAc                                        <  1:2063635/91‑1 (MQ=255)

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                                                     ataGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGt                                     <  1:3021573/91‑1 (MQ=255)

                                                     ataGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGt                                     >  1:762984/1‑91 (MQ=255)

                                                      taGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGtt                                    >  1:1268426/1‑91 (MQ=255)

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                                                         gTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTa                                 >  1:1525392/1‑91 (MQ=255)

                                                         gTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTa                                 >  1:1524551/1‑91 (MQ=255)

                                                           cTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTaaa                               <  1:3214433/91‑1 (MQ=255)

                                                                 aTGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACt                         <  1:84534/91‑1 (MQ=255)

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                                                                 aTGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACt                         <  1:692651/91‑1 (MQ=255)

                                                                  tGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACtt                        >  1:465763/1‑91 (MQ=255)

                                                                  tGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACtt                        >  1:1245657/1‑91 (MQ=255)

                                                                  tGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACtt                        >  1:1040636/1‑91 (MQ=255)

                                                                   ggCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACttt                       >  1:1279624/1‑91 (MQ=255)

                                                                     ccTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTgg                     <  1:63572/91‑1 (MQ=255)

                                                                     ccTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTgg                     <  1:63556/91‑1 (MQ=255)

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                                                                        tAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGcat                  >  1:1772079/1‑91 (MQ=255)

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                                                                            ttCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATa              >  1:1842770/1‑91 (MQ=255)

                                                                            ttCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATa              <  1:688678/91‑1 (MQ=255)

                                                                            ttCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATa              <  1:2889341/91‑1 (MQ=255)

                                                                             tCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATaa             >  1:946986/1‑91 (MQ=255)

                                                                             tCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATaa             <  1:2924977/91‑1 (MQ=255)

                                                                              cTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAAt            <  1:584585/91‑1 (MQ=255)

                                                                               tattagggggcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAAtt           >  1:2668703‑M2/12‑91 (MQ=255)

                                                                                attagggggcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTa          <  1:1983831‑M2/81‑1 (MQ=255)

                                                                                    gggggcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATa      <  1:3667858‑M2/85‑1 (MQ=255)

                                                                                    gggggcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATa      <  1:3667607‑M2/85‑1 (MQ=255)

                                                                                     ggggcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAg     >  1:1608045‑M2/6‑91 (MQ=255)

                                                                                       ggcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAGCt   >  1:803473‑M2/4‑91 (MQ=255)

                                                                                       ggcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAGCt   <  1:407729‑M2/88‑1 (MQ=255)

                                                                                        gcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAGCtt  >  1:3526298‑M2/3‑91 (MQ=255)

                                                                                        gcATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAGCtt  <  1:4103762‑M2/89‑1 (MQ=255)

TCCTTATGACGAAGATTAAATAATAAAAAACAAAGAAGCCCCCTAATATATCTATAGGTCTACAAATGGCCTTAGATTCTATTAGGGGGCATATTAATATGTTAATTTAGTTCGATAACACATGCTTCATATGGACGTAACTGTTTTAAATTAACTTTGGCATCATAATTAAATAGCTT  >  USA300TCH1516_ALE/1623497‑1623675

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.