| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1645378 = | 118 (1.200) | 17 (0.190) | 8/148 | NT | 13.8% | coding (188/558 nt) | efp | Elongation factor P |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1645401 = | 103 (1.130) | coding (165/558 nt) | efp | Elongation factor P | |||||
TAAAGGTTCAGCATTCGTTCGTTCAAAATTACGTAATTTAAGAACTGGTGCAATTCAAGAGAAAACGTTTAGAGCTGGTGAAAAAGTTGAACCAGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1645473‑1645378‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accagcTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCAGGCTTTACATGTTG > USA300TCH1516_ALE/1645401‑1645490 TAAAGGTTCAGCATTCGTTCGTTCAAAATTACGTAATTTAAGAACTGGTGCAATTCAAGAGAAAACGTTTAGAGCTGGTGAAAAAGTTGAA > 1:200085/1‑91TAAAGGTTCAGCATTCGTTCGTTCAAAATTACGTAATTTAAGAACTGGTGCAATTCAAGAGAAAACGTTTAGAGCTGGTGAAAAAGTTGAA > 1:2609884/1‑91 AAAGGTTCAGCATTCGTTCGTTCAAAATTACGTAATTTAAGAACTGGTGCAATTCAAGAGAAAACGTTTAGAGCTGGTGAAAAAGTTGAAC > 1:446948/1‑91 AAGGTTCAGCATTCGTTCGTTCAAAATTACGTAATTTAAGAACTGGTGCAATTCAAGAGAAAACGTTTAGAGCTGGTGAAAAAGTTGAACC > 1:1388478/1‑91 AGGTTCAGCATTCGTTCGTTCAAAATTACGTAATTTAAGAACTGGTGCAATTCAAGAGAAAACGTTTAGAGCTGGTGAAAAAGTTGAACCA > 1:4010456/1‑91 GTTCAGCATTCGTTCGTTCAAAATTACGTAATTTAAGAACTGGTGCAATTCAAGAGAAAACGTTTAGAGCTGGTGAAAAAGTTGAACCAGC < 1:865688/91‑1 AAATTACGTAATTTAAGAACTGGTGCAATTCAAGAGAAAACGTTTAGAGCTGGTTCAACTTTTTCACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAA < 1:2175989/91‑1 AATTACGTAATTTAAGAACTGGTGCAATTCAAGAGAAAACGTTTAGAGCTGGTTCAACTTTTTCACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAAT < 1:1095054/91‑1 GGTGCAATTCAAGAGAAAACGTTTAGAGCTGGTGAAAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGCTCTTAAATTAC > 1:598547/1‑91 TTCAAGAGAAAACGTTTAGAGCTGGTGAAAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTT > 1:2176508/1‑91 AGAGCTGGTGAAAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTG > 1:1391853/1‑91 GGTGAAAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTT > 1:3985982/1‑91 GGTGAAAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTT > 1:3985818/1‑91 AAAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACC > 1:2416668/1‑91 AAAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACC > 1:2416667/1‑91 AAAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACC > 1:1807275/1‑91 AAAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACC > 1:3799098/1‑91 AAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCA > 1:983547/1‑91 AAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCA > 1:3653725/1‑91 AAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCA > 1:2829603/1‑91 AAAAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCA > 1:2829499/1‑91 AAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCAGG > 1:622767/1‑91 AAGTTGAACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCAGG > 1:2512817/1‑91 ACCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCAGGCTTTACA > 1:3526544/1‑91 CCAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCAGGCTTTACAT < 1:4037711/91‑1 CAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCAGGCTTTACATG > 1:3792758/1‑91 CAGCTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCAGGCTTTACATG < 1:2533353/91‑1 CTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCAGGCTTTACATGTTG > 1:3060085/1‑91 CTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCAGGCTTTACATGTTG > 1:3059334/1‑91 TAAAGGTTCAGCATTCGTTCGTTCAAAATTACGTAATTTAAGAACTGGTGCAATTCAAGAGAAAACGTTTAGAGCTGGTGAAAAAGTTGAACCAGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1645473‑1645378‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accagcTCTAAACGTTTTCTCTTGAATTGCACCAGTTCTTAAATTACGTAATTTTGAACGAACGAATGCTGAACCTTTACCAGGCTTTACATGTTG > USA300TCH1516_ALE/1645401‑1645490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |