| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1660020 = | 99 (1.010) | 18 (0.210) | 7/138 | NT | 17.0% | coding (1289/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1660066 = | 90 (1.060) | coding (1243/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP | |||||
ATTATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1660119‑1660020‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggacttagaatTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGAGC > USA300TCH1516_ALE/1660066‑1660153 ATTATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGG > 1:1146155/1‑91ATTATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGG > 1:3003131/1‑91 TTATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGA < 1:3488574/91‑1 TATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGAC > 1:3040924/1‑91 TATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGAC > 1:2893157/1‑91 ATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACT < 1:3999503/91‑1 TGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTT > 1:1221893/1‑91 TGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTT > 1:969676/1‑91 TGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTT < 1:3447213/91‑1 TGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATAATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTT < 1:3399116/91‑1 TGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATAATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTT < 1:3398808/91‑1 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA < 1:1913008/91‑1 CGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGA < 1:2997809/91‑1 CGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGA < 1:2996850/91‑1 AGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCAT > 1:1487227/1‑91 TCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAA > 1:902408/1‑91 CCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAAT > 1:2364669/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 1:2743933/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 1:2743664/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 1:1746127/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 1:1498782/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 1:32782/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 1:32836/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 1:1498817/1‑91 GAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTT > 1:493484/1‑91 AAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTT > 1:3841544/1‑91 AAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTT > 1:3840493/1‑91 AAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTT > 1:738639/1‑91 AAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTT > 1:738737/1‑91 AAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTT > 1:738780/1‑91 AGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTT > 1:1521983/1‑91 AGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGACATAATTTTT > 1:515479/1‑91 GACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATAT > 1:495341/1‑91 CTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTT > 1:743997/1‑91 TTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTT < 1:1741978/91‑1 TTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTT > 1:216213/1‑91 TAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTG > 1:3806699/1‑91 TAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTG > 1:650470/1‑91 TAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTG > 1:2771375/1‑91 TAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTG > 1:26235/1‑91 AGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGA < 1:1954855/91‑1 AGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACGTGAATAATATGTTTGATCATCGGGATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGA < 1:3318010/91‑1 AATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGAGC < 1:3543078/91‑1 ATTATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1660119‑1660020‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggacttagaatTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGAGC > USA300TCH1516_ALE/1660066‑1660153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |