New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1660020 = | 99 (1.010) | 18 (0.210) | 7/138 | NT | 17.0% | coding (1289/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP |
? | USA300TCH1516_ALE | 1660066 = | 90 (1.060) | coding (1243/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGAGCATT > USA300TCH1516_ALE/1659976‑1660156 | ttGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAAtt < 1:372799/91‑1 (MQ=255) tGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTg > 1:2279918/1‑91 (MQ=255) cTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGAt > 1:3903302/1‑91 (MQ=255) tATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGAta > 1:3363668/1‑91 (MQ=255) cGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGAtagta < 1:1535482/91‑1 (MQ=255) cGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGAtagta > 1:3476193/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |