| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1682523 | 130 (1.320) | 8 (0.090) | 5/140 | NT | 6.3% | intergenic (‑268/+36) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1682539 | 124 (1.440) | intergenic (‑284/+20) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein | |||||
ATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1682425‑1682523‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaacaagcaCTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTTTTACGTTAAGAAAAATTAAAAAACAAAGAGAATTTTTCGAGAAATATTAGTTATTTAAATTAC < USA300TCH1516_ALE/1682539‑1682450 ATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAA < 1:3594806/91‑1ATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAA < 1:274541/91‑1ATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAA < 1:3036912/91‑1 TTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAA < 1:1908041/91‑1 TTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAAC > 1:2117297/1‑91 TTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAAC < 1:3335676/91‑1 TAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACA > 1:1511056/1‑91 TAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACA < 1:2564749/91‑1 AGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAA > 1:2193300/1‑91 ACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGC > 1:2116400/1‑91 CTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCA > 1:1938191/1‑91 CTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCA < 1:3708983/91‑1 CTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCA > 1:85612/1‑91 CTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCA > 1:85554/1‑91 ATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCT < 1:633110/91‑1 TTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTG < 1:403112/91‑1 TTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTG < 1:262996/91‑1 TAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGT < 1:635980/91‑1 TAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGT < 1:884351/91‑1 TAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGT < 1:884473/91‑1 AAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTT < 1:892870/91‑1 ATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTT < 1:641260/91‑1 AAAAGAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTTTTACGTTAAGAAAAATTAAAAAACAAAGAGAATTTTTCGAGAAATATTAGTTAT < 1:3457911/91‑1 ACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTTTTACGTTAAGAAAAATTAAAAAACAAAGAGAATTTTTCGAGAAATATTAGTTATTTA > 1:2859940/1‑91 ACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTTTTACGTTAAGAAAAATTAAAAAACAAAGAGAATTTTTCGAGAAATATTAGTTATTTA > 1:2859732/1‑91 CAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTTTTACGTTAAGAAAAATTAAAAAACAAAGAGAATTTTTCGAGAAATATTAGTTATTTAA > 1:764869/1‑91 AAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTTTTACGTTAAGAAAAATTAAAAAACAAAGAGAATTTTTCGAGAAATATTAGTTATTTAAA > 1:2001997/1‑91 AGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTTTTACGTTAAGAACAATTAAAAAACAAAGAGAATTTTTCGAGAAATATTAGTTATTTAAAT < 1:4145843/91‑1 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTTTTACGTTAAGAAAAATTAAAAAACAAAGAGAATTTTTCGAGAAATATTAGTTATTTAAATTA < 1:3375716/91‑1 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTTTTACGTTAAGAAAAATTAAAAAACAAAGAGAATTTTTCGAGAAATATTAGTTATTTAAATTA > 1:662937/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTTTTACGTTAAGAAAAATTAAAAAACAAAGAGAATTTTTCGAGAAATATTAGTTATTTAAATTA > 1:2719278/1‑91 ACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTTTTACGTTAAGAAAAATTAAAAAACAAAGAGAATTTTTCGAGAAATATTAGTTATTTAAATTAC > 1:2385256/1‑91 ATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1682425‑1682523‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaacaagcaCTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTTTTACGTTAAGAAAAATTAAAAAACAAAGAGAATTTTTCGAGAAATATTAGTTATTTAAATTAC < USA300TCH1516_ALE/1682539‑1682450 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |