New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1682523 | 130 (1.320) | 8 (0.090) | 5/140 | NT | 6.3% | intergenic (‑268/+36) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1682539 | 124 (1.440) | intergenic (‑284/+20) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein |
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
CTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACT > USA300TCH1516_ALE/1682433‑1682613 | cTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCA > 1:1938191‑M1/1‑91 (MQ=255) cTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCA > 1:85612‑M1/1‑91 (MQ=255) tAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCaa > 1:501209/1‑91 (MQ=255) tAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCaa < 1:1515439/91‑1 (MQ=255) aaTCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAAc < 1:2373652/91‑1 (MQ=255) tCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTa < 1:3165821/91‑1 (MQ=255) tCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTa < 1:1384338/91‑1 (MQ=255) tttttGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCAtt < 1:1813026/91‑1 (MQ=255) ttttGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTa > 1:2543048/1‑91 (MQ=255) tGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGa > 1:1458968/1‑91 (MQ=255) tGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGa > 1:209505/1‑91 (MQ=255) cTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATa > 1:4055892/1‑91 (MQ=255) cTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATa > 1:4112558/1‑91 (MQ=255) cTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATa > 1:1135486/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |