| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1693764 | 88 (0.890) | 11 (0.130) | 6/140 | NT | 11.6% | coding (1031/1158 nt) | hemN_1 | Oxygen‑independent coproporphyrinogen‑III oxidase‑like protein YqeR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1693780 | 91 (1.060) | coding (1015/1158 nt) | hemN_1 | Oxygen‑independent coproporphyrinogen‑III oxidase‑like protein YqeR | |||||
CCTCATTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGACCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1693666‑1693764‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtttgaccaaTCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCACTTACAAAT < USA300TCH1516_ALE/1693780‑1693691 CCTCATTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAGATTATTTATTGT < 1:3198786/91‑1CCTCATTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGT > 1:1999478/1‑91CCTCATTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGT > 1:1999559/1‑91 CTCATTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTT > 1:1150847/1‑91 CTCATTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTT > 1:3035926/1‑91 CTCATTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTT > 1:3035813/1‑91 CTCATTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTT > 1:3908358/1‑91 CTCATTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTT > 1:794881/1‑91 CATTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTG > 1:1129400/1‑91 TTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGAC > 1:2098651/1‑91 TTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGAC > 1:2098650/1‑91 CTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGACCAATCTATTGAAAGTG < 1:2165776/91‑1 CTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGACCAATCTATTGAAAGTG < 1:2165302/91‑1 TATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGACCAATCTATTGAAAGTGTCT < 1:4034464/91‑1 TATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGACCAATCTATTGAAAGTGTCT < 1:1564103/91‑1 AAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAAGTGATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCA < 1:3319616/91‑1 AAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAAGTGATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCA < 1:3319602/91‑1 AAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAAGTGATTCCTTCTCTTGTAAATTATTTATTGTTTGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCA < 1:3319269/91‑1 CAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAA < 1:3332956/91‑1 CAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAA < 1:3332985/91‑1 TCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAA < 1:243011/91‑1 CACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAA < 1:2813353/91‑1 GTTTGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCA > 1:4129060/1‑91 TTTGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCAC > 1:2667576/1‑91 TTGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCACT > 1:506315/1‑91 TGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCACTT > 1:885260/1‑91 TGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCACTT > 1:3799076/1‑91 TGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCACTT > 1:3997154/1‑91 TGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCACTT < 1:7864/91‑1 TGACCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCACTT < 1:7875/91‑1 CCAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCACTTACA > 1:2642078/1‑91 CAATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCACTTACAA > 1:3694580/1‑91 AATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCACTTACAAA < 1:4067304/91‑1 ATCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCACTTACAAAT > 1:917169/1‑91 CCTCATTACCTATGACTTTCCCTCTATTTGTAAGTGCAATCACATCGTTCTTTTCTACAATTAATTCCTTCTCTTTTAAATTATTTATTGTTTGACCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1693666‑1693764‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtttgaccaaTCTATTGAAAGTGTCTTTGGTCAAACAATAAATAATTTAAAAGAGAAGGAATTAATTGTAGAAAAGAACGATGTGATTGCACTTACAAAT < USA300TCH1516_ALE/1693780‑1693691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |