| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1710808 = | 104 (1.060) | 9 (0.100) | 8/144 | NT | 8.9% | coding (336/1221 nt) | fic | Adenosine monophosphate‑protein transferase SoFic |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1710841 = | 91 (1.030) | coding (303/1221 nt) | fic | Adenosine monophosphate‑protein transferase SoFic | |||||
TAATTCTTTACCATATGCAGCTAGAGAACAATATTTTAATGATTTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1710904‑1710808‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttagtactTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAAGAATTAAGTGCTCTATCAATTTTTCTACTA > USA300TCH1516_ALE/1710841‑1710928 TAATTCTTTACCATATGCAGCTAGAGAACAATATTTTAATGATTTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTT < 1:4071273/91‑1 TTCTTTACCATATGCAGCTAGAGAACAATATTTTAATGATTTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGT < 1:1994828/91‑1 TTCTTTACCATATGCAGCTAGAGAACAATATTTTAATGATTTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGT > 1:687963/1‑91 TTCTTTACCATATGCAGCTAGAGAACAATATTTTAATGATTTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGT > 1:2672588/1‑91 TTCTTTACCATATGCAGCTAGAGAACAATATTTTAATGATTTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGT < 1:3609321/91‑1 CTTTACCATATGCAGCTAGAGAACAATATTTTAATGATTTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTAC > 1:1083909/1‑91 CTTTACCATATGCAGCTAGAGAACAATATTTTAATGATTTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTAC > 1:1084855/1‑91 CTTTACCATATGCAGCTAGAGAACAATATTTTAATGATTTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTAC > 1:571701/1‑91 TTTACCATATGCAGCTAGAGAACAATATTTTAATGATTTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTACT < 1:692704/91‑1 TTTACCATATGCAGCTAGAGAACAATATTTTAATGATTTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTACT < 1:2469747/91‑1 TTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGGAAATGTATTTAGTACTTTGTAATTCATGGATTAATAAATCATTAAAATATTGT > 1:3866679/1‑91 TACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATG > 1:3113295/1‑91 TACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATG > 1:1055011/1‑91 CAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGT > 1:3488249/1‑91 AAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTA > 1:2958039/1‑91 AAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAA > 1:3702591/1‑91 AGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAA > 1:84097/1‑91 CTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAAGAAT > 1:3016210/1‑91 ATGAAATTGAAAATGTATTTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAAGAATTAA > 1:843286/1‑91 TAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAAGAATTAAGTGCTCTATCAATTTTTCT > 1:2785530/1‑91 TAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAAGAATTAAGTGCTCTATCAATTTTTCT < 1:48132/91‑1 TAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAAGAATTAAGTGCTCTATCAATTTTTCT < 1:48391/91‑1 TAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAAGAATTAAGTGCTCTATCAATTTTTCT < 1:2186253/91‑1 AGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAAGAATTAAGTGCTCTATCAATTTTTCTA > 1:2591800/1‑91 AGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAAGAATTAAGTGCTCTATCAATTTTTCTA > 1:2590333/1‑91 ACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAAGAATTAAGTGCTCTATCAATTTTTCTACTA < 1:1194061/91‑1 TAATTCTTTACCATATGCAGCTAGAGAACAATATTTTAATGATTTATTAATCGATGAATTACAAAGTACTAATGAAATTGAAAATGTATTTAGTACT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1710904‑1710808‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttagtactTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAAGAATTAAGTGCTCTATCAATTTTTCTACTA > USA300TCH1516_ALE/1710841‑1710928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |