New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1710808 = | 104 (1.060) | 9 (0.100) | 8/144 | NT | 8.9% | coding (336/1221 nt) | fic | Adenosine monophosphate‑protein transferase SoFic |
? | USA300TCH1516_ALE | 1710841 = | 91 (1.030) | coding (303/1221 nt) | fic | Adenosine monophosphate‑protein transferase SoFic |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
AAGTTCTATCTCTTTATATTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAA > USA300TCH1516_ALE/1710718‑1710898 | tCTATCTCTTTATATTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTAc < 1:4041155/91‑1 (MQ=255) tagaaaaattgatagagcacttaattctttaccatatgcagctagagaacaatattttaatgatttattaatcgatgaattacaaAGTACt > 1:2591800‑M1/86‑91 (MQ=255) agaaaaattgatagagcacttaattctttaccatatgcagctagagaacaatattttaatgatttattaatcgatgaattacaaAGTACTa > 1:2785530‑M1/85‑91 (MQ=255) agaaaaattgatagagcacttaattctttaccatatgcagctagagaacaatattttaatgatttattaatcgatgaattacaaAGTACTa < 1:2186253‑M1/7‑1 (MQ=255) agaaaaattgatagagcacttaattctttaccatatgcagctagagaacaatattttaatgatttattaatcgatgaattacaaAGTACTa < 1:48391‑M1/7‑1 (MQ=255) agaaaaattgatagagcacttaattctttaccatatgcagctagagaacaatattttaatgatttattaatcgatgaattacaaAGTACTa < 1:48132‑M1/7‑1 (MQ=255) tctcTTTATATTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTaaa > 1:2245581/1‑91 (MQ=255) tataTTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACAtt < 1:3735024/91‑1 (MQ=255) tataTTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACAtt < 1:1261410/91‑1 (MQ=255) atatTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTTCTAAATACAttt < 1:3181681/91‑1 (MQ=255) atatTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACAttt < 1:2877208/91‑1 (MQ=255) atatTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACAttt < 1:641315/91‑1 (MQ=255) atatTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACAttt > 1:1499601/1‑91 (MQ=255) tatTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACAtttt < 1:1578019/91‑1 (MQ=255) tatTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACAtttt > 1:2512968/1‑91 (MQ=255) tatTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACAtttt > 1:387807/1‑91 (MQ=255) tatTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACAtttt < 1:1792369/91‑1 (MQ=255) ttGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCa < 1:2391080/91‑1 (MQ=255) tGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAATTTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTcga < 1:2924311/91‑3 (MQ=255) gATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAAt > 1:965222/1‑91 (MQ=255) aTCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAAtt < 1:1981160/91‑1 (MQ=255) tCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAAttt > 1:2487459/1‑91 (MQ=255) ccACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTc > 1:1805874/1‑91 (MQ=255) cACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCa > 1:4025720/1‑91 (MQ=255) cACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCa > 1:3609464/1‑91 (MQ=255) ttaattctttaccatatgcagctagagaacaatattttaatgatttattaatcgatgaattacaaAGTACTAAATACATTTTCAATTTCAt > 1:843286‑M1/66‑91 (MQ=255) aCGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCAt < 1:177546/91‑1 (MQ=255) attctttaccatatgcagctagagaacaatattttaatgatttattaatcgatgaattacaaAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAg > 1:3016210‑M1/63‑91 (MQ=255) aGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAg > 1:67323/1‑91 (MQ=255) aGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAg > 1:1937278/1‑91 (MQ=255) gCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTa > 1:3062149/1‑91 (MQ=255) gCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTCCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTa > 1:3312688/1‑91 (MQ=255) ccTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTAc < 1:3571375/91‑1 (MQ=255) tttaccatatgcagctagagaacaatattttaatgatttattaatcgatgaattacaaAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACt > 1:84097‑M1/59‑91 (MQ=255) ttaccatatgcagctagagaacaatattttaatgatttattaatcgatgaattacaaAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACtt > 1:3702591‑M1/58‑91 (MQ=255) tctGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACtt < 1:1503285/91‑1 (MQ=255) tctGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACtt < 1:1651457/91‑1 (MQ=255) ctGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACttt < 1:245026/91‑1 (MQ=255) ctGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACttt > 1:664321/1‑91 (MQ=255) tGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTg < 1:2636060/91‑1 (MQ=255) aCTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTaa < 1:3001314/91‑1 (MQ=255) ttAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAAtt < 1:3598084/91‑1 (MQ=255) aaGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCa < 1:1326487/91‑1 (MQ=255) aaGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCa < 1:1060212/91‑1 (MQ=255) gAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATc < 1:1026209/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCg < 1:425298/91‑1 (MQ=255) aTTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGAt < 1:357137/91‑1 (MQ=255) aTTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGAt < 1:987412/91‑1 (MQ=255) aTTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGAt < 1:1567181/91‑1 (MQ=255) ttCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGAtt < 1:110843/91‑1 (MQ=255) tCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATta > 1:2669737/1‑91 (MQ=255) tCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATta > 1:1019201/1‑91 (MQ=255) gATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATtaata > 1:2256766/1‑91 (MQ=255) gATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATtaata > 1:2480201/1‑91 (MQ=255) gATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGT‑ATTCATCGATtaataa < 1:1292461/91‑1 (MQ=255) tGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATaaa > 1:1290127/1‑91 (MQ=255) tGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCAt < 1:4046412/91‑1 (MQ=255) tGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCAt < 1:1509569/91‑1 (MQ=255) ggTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCAtt < 1:4127013/91‑1 (MQ=255) ggTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCAtt < 1:952771/91‑1 (MQ=255) gTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTa < 1:866202/91‑1 (MQ=255) gTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTa > 1:88318/1‑91 (MQ=255) gTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTa > 1:535157/1‑91 (MQ=255) ttATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTaa < 1:3249672/91‑1 (MQ=255) ttATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTaa < 1:2239339/91‑1 (MQ=255) tATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTaaa > 1:503613/1‑91 (MQ=255) tttAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAat < 1:2243159/91‑1 (MQ=255) tttAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAat > 1:539602/1‑91 (MQ=255) tttAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAat > 1:2664126/1‑91 (MQ=255) tttAACGCATGCGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAat < 1:3756359/91‑1 (MQ=255) tAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAatat > 1:3011879/1‑91 (MQ=255) tAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAatat < 1:2874956/91‑1 (MQ=255) aaCGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATAtt < 1:374832/91‑1 (MQ=255) aaCGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATAtt < 1:1968241/91‑1 (MQ=255) cGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCAATAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGt > 1:3301227/1‑91 (MQ=255) cATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTtc < 1:1010901/91‑1 (MQ=255) cATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTtc > 1:879879/1‑91 (MQ=255) cATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTtc < 1:3632157/91‑1 (MQ=255) tgtgCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTtctc < 1:4002754/91‑1 (MQ=255) tgtgCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTtctc > 1:1411109/1‑91 (MQ=255) tgtgCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTtctc < 1:2444337/91‑1 (MQ=255) gtgCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTctct < 1:1429012/91‑1 (MQ=255) gtgCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTctct < 1:2221991/91‑1 (MQ=255) tgCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTa > 1:60929/1‑91 (MQ=255) tgCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTa > 1:752014/1‑91 (MQ=255) tgCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTa > 1:60909/1‑91 (MQ=255) cAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTCCTCTAGc > 1:2073678/1‑91 (MQ=255) aTCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTg > 1:3186272/1‑91 (MQ=255) ctctTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCa < 1:2621806/91‑1 (MQ=255) tctTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCat < 1:1114563/91‑1 (MQ=255) ctTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGCTCTCTAGCTGCata > 1:3739008/1‑91 (MQ=255) tGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACCTTGTAATTCATCGCTTAATAAATCATTCAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATg > 1:3855839/1‑91 (MQ=255) gTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATgg > 1:3553252/1‑91 (MQ=255) ttAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTa < 1:307048/91‑1 (MQ=255) ttAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTa < 1:307077/91‑1 (MQ=255) ttAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTa < 1:307103/91‑1 (MQ=255) ttAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTa < 1:3146411/91‑1 (MQ=255) ttAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTa > 1:3974228/1‑91 (MQ=255) tAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTaa > 1:1017498/1‑91 (MQ=255) AGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTaaa < 1:692704‑M1/91‑1 (MQ=255) | AAGTTCTATCTCTTTATATTGATCCACGAGGCCTCTGAACTTAAGAAATTCTGATGCTTGGTTATTTAACGCATGTGCAATCTCTTGTTTAGTACTAAATACATTTTCAATTTCATTAGTACTTTGTAATTCATCGATTAATAAATCATTAAAATATTGTTCTCTAGCTGCATATGGTAAA > USA300TCH1516_ALE/1710718‑1710898 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |