| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1721527 | 85 (0.860) | 9 (0.100) | 5/142 | NT | 10.4% | intergenic (‑244/+41) | USA300HOU_RS08595/USA300HOU_RS08600 | Putative O‑methyltransferase/MSMEI_4947/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1721546 | 80 (0.920) | intergenic (‑263/+22) | USA300HOU_RS08595/USA300HOU_RS08600 | Putative O‑methyltransferase/MSMEI_4947/hypothetical protein | |||||
ATTCATATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1721430‑1721527‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tactcttgcTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGTATTTTTTAAGTCAAGCAATGTATAAATAATTAACGCTTATAATTTTATTGAAAATATGGTA < USA300TCH1516_ALE/1721546‑1721459 ATTCATATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATA > 1:1770773/1‑91ATTCATATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATA > 1:985192/1‑91ATTCATATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATA > 1:1770979/1‑91 TTCATATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATAC > 1:3140083/1‑91 TCATATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACT > 1:2895534/1‑91 CATATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTC < 1:651512/91‑1 CATATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTC > 1:2061780/1‑91 agATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGGTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCT < 1:970252/89‑1 ATATAAAATTTAATTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAATTTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCT < 1:4142568/91‑1 ATATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCT < 1:970121/91‑1 TATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTT > 1:2866001/1‑91 ATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTG < 1:1956439/91‑1 TTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGC < 1:2484329/91‑1 ACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAA < 1:1217411/91‑1 CATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGA < 1:3874768/91‑1 TATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGT < 1:3069241/91‑1 TATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGT < 1:3069136/91‑1 TATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGT < 1:3515774/91‑1 TATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGT < 1:2028917/91‑1 ATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGTA < 1:2808679/91‑1 ATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGTA < 1:2245148/91‑1 AAAATACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGTATTTTTTAAGTCAAGCAATGTATAAATAATTAACGCTTATAATTTTATTGA < 1:3712639/91‑1 AAAATACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGTATTTTTTAAGTCAAGCAATGTATAAATAATTAACGCTTATAATTTTATTGA < 1:3712914/91‑1 TACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCATGAGTATTTTTTAGGTCAAGCAGTGTATAAATAATTAACGCTTATAATTTTATTGAAAAT < 1:3306213/91‑1 TACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGTATTTTTTAAGTCAAGCAATGTATAAATAATTAACGCTTATAATTTTATTGAAAAT < 1:505338/91‑1 TACTCTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGTATTTTTTAAGTCAAGCAATGTATAAATAATTAACGCTTATAATTTTATTGAAAAT < 1:655974/91‑1 CTTGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGTATTTTTTAAGTCAAGCAATGTATAAATAATTAACGCTTATAATTTTATTGAAAATATGG > 1:3466640/1‑91 TGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGTATTTTTTAAGTCAAGCAATGTATAAATAATTAACGCTTATAATTTTATTGAAAATATGGTA > 1:3579230/1‑91 TGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGTATTTTTTAAGTCAAGCAATGTATAAATAATTAACGCTTATAATTTTATTGAAAATATGGTA < 1:1887156/91‑1 TGCTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGTATTTTTTAAGTCAAGCAATGTATAAATAATTAACGCTTATAATTTTATTGAAAATATGGTA < 1:1886039/91‑1 ATTCATATAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1721430‑1721527‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tactcttgcTAACCTTAAAGATGGGGAGGCAAGAGTATTTTTTAAGTCAAGCAATGTATAAATAATTAACGCTTATAATTTTATTGAAAATATGGTA < USA300TCH1516_ALE/1721546‑1721459 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |