| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1721527 | 85 (0.860) | 9 (0.100) | 5/142 | NT | 10.4% | intergenic (‑244/+41) | USA300HOU_RS08595/USA300HOU_RS08600 | Putative O‑methyltransferase/MSMEI_4947/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1721546 | 80 (0.920) | intergenic (‑263/+22) | USA300HOU_RS08595/USA300HOU_RS08600 | Putative O‑methyltransferase/MSMEI_4947/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTTCATCAGTTTCGATTGGTAC > USA300TCH1516_ALE/1721459‑1721636 | tACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgca < 1:1887156‑M2/91‑4 (MQ=255)gaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCa > 1:3722492‑M1/61‑91 (MQ=255) aatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCaa > 1:2826053‑M1/60‑91 (MQ=255) ccATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaag > 1:3466640‑M2/1‑86 (MQ=255) atgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAag > 1:683867‑M1/59‑91 (MQ=255) ggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGt > 1:2573474‑M1/56‑91 (MQ=255) atTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagta < 1:655974‑M2/91‑10 (MQ=255) atTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagta < 1:505338‑M2/91‑10 (MQ=255) atTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACACTGCTTGACCTAAAAAATACTCATGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagta < 1:3306213‑M2/91‑10 (MQ=255) tttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaa < 1:3899851/91‑1 (MQ=255) tttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaa < 1:4008442/91‑1 (MQ=255) tttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaa < 1:2992231/91‑1 (MQ=255) tttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaa > 1:350741/1‑91 (MQ=255) tCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagtatttt < 1:3712639‑M2/91‑14 (MQ=255) tCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAAt < 1:4073631/91‑1 (MQ=255) cAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATc < 1:3788031/91‑1 (MQ=255) cAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATc > 1:228211/1‑91 (MQ=255) cAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATc > 1:3942954/1‑91 (MQ=255) aaTAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCt > 1:1647323/1‑91 (MQ=255) tAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCttt < 1:1504004/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGGGTAAAATCtttt < 1:3201554/91‑1 (MQ=255) aaaTTATCAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCttttt < 1:2064658/91‑1 (MQ=255) aaaTTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCttttt > 1:224794/1‑91 (MQ=255) tataAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTAGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAatt > 1:3295873/1‑91 (MQ=255) ataAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAatta > 1:3416702/1‑91 (MQ=255) taAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattat < 1:3584412/91‑1 (MQ=255) taAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattat > 1:1463224/1‑91 (MQ=255) aaGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattatt < 1:3758102/91‑1 (MQ=255) aaGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattatt < 1:2534513/91‑1 (MQ=255) aGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAACAATCCTCTTGCCGCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTAttc > 1:3306297/1‑91 (MQ=255) gCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTAttct < 1:3380319/91‑1 (MQ=255) cGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCACGAGTAAAATCTTTTTAATTAttctt > 1:2815857/1‑91 (MQ=255) tAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCa < 1:2062686/91‑1 (MQ=255) tAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCa > 1:3564498/1‑91 (MQ=255) tAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCa < 1:1114625/91‑1 (MQ=255) tAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCa < 1:2274021/91‑1 (MQ=255) atttatACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCa < 1:2194577/91‑1 (MQ=255) atttatACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCa < 1:1464482/91‑1 (MQ=255) tttatACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAg < 1:207525/91‑1 (MQ=255) tttatACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAg < 1:2571191/91‑1 (MQ=255) ttatACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGt < 1:4131502/91‑1 (MQ=255) taCATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTAtt < 1:2623130/91‑1 (MQ=255) taCATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTAtt < 1:486353/91‑1 (MQ=255) taCATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTAtt < 1:4112358/91‑1 (MQ=255) aCATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTAttt > 1:2531461/1‑91 (MQ=255) aTTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTAc > 1:3834689/1‑91 (MQ=255) tGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCTCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACaa < 1:3333069/91‑1 (MQ=255) tGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACaa < 1:132130/91‑1 (MQ=255) gCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAAc > 1:1975893/1‑91 (MQ=255) cTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAAct < 1:3279518/91‑1 (MQ=255) cTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAAct < 1:2160073/91‑1 (MQ=255) cTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAAct > 1:221877/1‑91 (MQ=255) gACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAActtct > 1:855171/1‑91 (MQ=255) ttAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCa < 1:840562/91‑1 (MQ=255) aaaaaTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATc > 1:4037507/1‑91 (MQ=255) aaaaaTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAAATTCTTCAATc < 1:3634021/91‑1 (MQ=255) aaaaTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCa > 1:294132/1‑91 (MQ=255) aaaTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGTAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCAt < 1:3524003/91‑1 (MQ=255) aaaTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCAt < 1:1164480/91‑1 (MQ=255) aTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGt < 1:3672827/91‑1 (MQ=255) aTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGt < 1:3876578/91‑1 (MQ=255) tACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagtattttttaagtcaagcaatgtataaataattaacgcttataattttattgaaaat < 1:2808679‑M2/91‑64 (MQ=255) 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TGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttc < 1:889718‑M1/91‑1 (MQ=255) gCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagtattttttaagtcaagcaatgtataaataattaacgcttataattttattgaaaatatggtaa < 1:2484329‑M2/91‑71 (MQ=255) CCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttctt > 1:3445529‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttctt > 1:740899‑M1/1‑91 (MQ=255) ccccATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTtcat < 1:1743825/91‑1 (MQ=255) ccccATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTtcat < 1:1321932/91‑1 (MQ=255) ccccATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTtcat < 1:1321803/91‑1 (MQ=255) cccATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTtcatc < 1:1973184/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |