| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1721527 | 85 (0.860) | 9 (0.100) | 5/142 | NT | 10.4% | intergenic (‑244/+41) | USA300HOU_RS08595/USA300HOU_RS08600 | Putative O‑methyltransferase/MSMEI_4947/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1721546 | 80 (0.920) | intergenic (‑263/+22) | USA300HOU_RS08595/USA300HOU_RS08600 | Putative O‑methyltransferase/MSMEI_4947/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTT > USA300TCH1516_ALE/1721437‑1721617 | agtaccaatcgaaactgatgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGc < 1:2518538‑M1/9‑1 (MQ=255) aaaaTTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGcc < 1:3879882/91‑1 (MQ=255) aaTTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTc > 1:3899083/1‑91 (MQ=255) ttAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTcccc < 1:3648449/91‑1 (MQ=255) tAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCa > 1:71784/1‑91 (MQ=255) aCTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATc > 1:2521993/1‑91 (MQ=255) cTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCt > 1:615595/1‑91 (MQ=255) tAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTa > 1:1348235/1‑91 (MQ=255) tAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTa > 1:4097739/1‑91 (MQ=255) aGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTaa < 1:52506/91‑1 (MQ=255) gATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAg > 1:1595743/1‑91 (MQ=255) atatTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCTCCATCTTTAAgg < 1:3193705/91‑1 (MQ=255) atatTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAgg < 1:3065040/91‑1 (MQ=255) atgaagaatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGt > 1:2417410‑M1/66‑91 (MQ=255) ttACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCtaaccttaaagatggggaggc < 1:2484329‑M1/91‑22 (MQ=255) tACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgca < 1:1886039‑M2/91‑4 (MQ=255) tACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgca < 1:1887156‑M2/91‑4 (MQ=255) tACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgca > 1:3579230‑M2/1‑88 (MQ=255) aatgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCaa > 1:2826053‑M1/60‑91 (MQ=255) ccATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaag > 1:3466640‑M2/1‑86 (MQ=255) atgggacatgattgaagaagttgtaaatactgaaatggaagaataattaaaaagatttTACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAag > 1:683867‑M1/59‑91 (MQ=255) cATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCtaaccttaaagatggggaggcaaga < 1:3874768‑M1/91‑26 (MQ=255) tatTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCtaaccttaaagatggggaggcaagagt < 1:3069136‑M1/91‑28 (MQ=255) tatTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCtaaccttaaagatggggaggcaagagt < 1:3069241‑M1/91‑28 (MQ=255) atTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCtaaccttaaagatggggaggcaagagta < 1:2808679‑M1/91‑29 (MQ=255) atTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCtaaccttaaagatggggaggcaagagta < 1:2245148‑M1/91‑29 (MQ=255) atTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagta < 1:505338‑M2/91‑10 (MQ=255) atTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagta < 1:655974‑M2/91‑10 (MQ=255) tttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaa > 1:350741/1‑91 (MQ=255) tttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaa < 1:3899851/91‑1 (MQ=255) tttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaa < 1:4008442/91‑1 (MQ=255) tttCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTaaa < 1:2992231/91‑1 (MQ=255) tCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagtatttt < 1:3712639‑M2/91‑14 (MQ=255) tCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagtatttt < 1:3712914‑M2/91‑14 (MQ=255) tCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAAt < 1:4073631/91‑1 (MQ=255) cAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATc < 1:3788031/91‑1 (MQ=255) cAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATc > 1:228211/1‑91 (MQ=255) cAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATc > 1:3943191/1‑91 (MQ=255) aaTAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCt > 1:1647323/1‑91 (MQ=255) tAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCttt < 1:1504004/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCtttt > 1:982263/1‑91 (MQ=255) aaaTTATCAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCttttt < 1:2064658/91‑1 (MQ=255) aaaTTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCttttt > 1:2280741/1‑91 (MQ=255) aaaTTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCttttt > 1:224794/1‑91 (MQ=255) tataAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTCGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAatt > 1:3295899/1‑91 (MQ=255) ataAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAatta > 1:401616/1‑91 (MQ=255) taAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattat > 1:1463224/1‑91 (MQ=255) aaGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattatt > 1:1295870/1‑91 (MQ=255) aaGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattatt < 1:2534513/91‑1 (MQ=255) aaGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAattatt < 1:3758102/91‑1 (MQ=255) aGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAACAATCCTCTTGCCGCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTAttc > 1:3306297/1‑91 (MQ=255) gCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTAttct < 1:3380319/91‑1 (MQ=255) cGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCACGAGTAAAATCTTTTTAATTAttctt > 1:2815857/1‑91 (MQ=255) tAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCa < 1:1114625/91‑1 (MQ=255) tAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCa < 1:2062686/91‑1 (MQ=255) tttatACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAg < 1:2571191/91‑1 (MQ=255) tttatACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAg < 1:207525/91‑1 (MQ=255) ttatACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGt < 1:4131502/91‑1 (MQ=255) taCATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTAtt < 1:2623130/91‑1 (MQ=255) taCATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTAtt < 1:4112813/91‑1 (MQ=255) taCATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTAtt > 1:1725614/1‑91 (MQ=255) taCATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTAtt < 1:486353/91‑1 (MQ=255) 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ACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTcc < 1:1029622‑M1/91‑1 (MQ=255) CTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTccc < 1:612226‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCa < 1:483312‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAt < 1:18013‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAt > 1:3271047‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAgcaagagtattttttaagtcaagcaatgtataaataattaacgcttataattttattgaaaatatggt < 1:1217411‑M2/91‑69 (MQ=255) TTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAtt < 1:2141224‑M1/91‑1 (MQ=255) tGCtaaccttaaagatggggaggcaagagtattttttaagtcaagcaatgtataaataattaacgcttataattttattgaaaatatggta > 1:3579230‑M1/1‑3 (MQ=255) tGCtaaccttaaagatggggaggcaagagtattttttaagtcaagcaatgtataaataattaacgcttataattttattgaaaatatggta < 1:1886039‑M1/91‑89 (MQ=255) TGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttc < 1:3368546‑M1/91‑1 (MQ=255) TGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttc < 1:889718‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttct < 1:1433993‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttctt > 1:3445529‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCAttctt > 1:740899‑M1/1‑91 (MQ=255) | TAAAATTTAACTTTAGATATTTTACCATATTTTCAATAAAATTATAAGCGTTAATTATTTATACATTGCTTGACTTAAAAAATACTCTTGCCTCCCCATCTTTAAGGTTAGCAAGAGTAAAATCTTTTTAATTATTCTTCCATTTCAGTATTTACAACTTCTTCAATCATGTCCCATTCTT > USA300TCH1516_ALE/1721437‑1721617 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |