| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1766678 = | 73 (0.740) | 8 (0.090) | 5/140 | NT | 12.2% | intergenic (+22/+201) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1766721 = | 51 (0.590) | intergenic (+65/+158) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein | |||||
AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1766776‑1766678‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtctcgtttTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTAATATTAGATATCTTAATCTAAAAATAGATGTAC > USA300TCH1516_ALE/1766721‑1766810 AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATG > 1:951052/1‑91AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATG > 1:2765076/1‑91AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATG < 1:805204/91‑1AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATG < 1:805173/91‑1AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATG > 1:730712/1‑91AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATG < 1:3691429/91‑1AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATG > 1:1660240/1‑91AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATG > 1:2095877/1‑91AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATG > 1:3520264/1‑91AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATG > 1:2561691/1‑91 GCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGT > 1:728914/1‑91 GCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGT < 1:1059213/91‑1 GCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGT < 1:3563034/91‑1 AGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCT > 1:357056/1‑91 AGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCT < 1:2905508/91‑1 AGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCT < 1:2905678/91‑1 AGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCT > 1:2940512/1‑91 AGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCT < 1:63963/91‑1 AGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCT > 1:885760/1‑91 AGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCT > 1:967417/1‑91 AGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCT < 1:1541793/91‑1 GAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTC < 1:1125733/91‑1 AGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCG > 1:3375078/1‑91 AGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCG > 1:2207745/1‑91 GCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGT < 1:761115/91‑1 CATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTT < 1:2662497/91‑1 CATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTT < 1:1310298/91‑1 CATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTT < 1:1310334/91‑1 ATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTT < 1:2658882/91‑1 TCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTT > 1:3750040/1‑91 CGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCT > 1:1567687/1‑91 CGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCT > 1:1215230/1‑91 AGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCT > 1:4060439/1‑91 ACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGC > 1:1620780/1‑91 ACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGC > 1:1620737/1‑91 AGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTA > 1:3130860/1‑91 AGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTA > 1:3130803/1‑91 TGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTAATATTAGATATCTTAATCTAAAAA > 1:1251156/1‑91 TCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTAATATTAGATATCTTAATCTAAAAATA > 1:1839801/1‑91 TCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTAATATTAGATATCTTAATCTAAAAATA > 1:2818652/1‑91 TCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTAATATTAGATATCTTAACCTAAAAATAGA < 1:739274/91‑1 TTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTAATATTAGATATCTTAATCTAAAAATAGATGTA < 1:609493/91‑1 TTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTAATATTAGATATCTTAATCTAAAAATAGATGTA < 1:1296834/91‑1 TTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTAATATTAGATATCTTAATCTAAAAATAGATGTAC < 1:695185/91‑1 AGCAGAGCATTAACTTGGAACTTTAACTTATGATTTGAATAAATTTTCACATTAAAAAACGAGACAGTCTATTAGTTAAAAATAGATGATGTCTCGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1766776‑1766678‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtctcgtttTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAATGCTCTGCTAATATTAGATATCTTAATCTAAAAATAGATGTAC > USA300TCH1516_ALE/1766721‑1766810 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |