| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1766678 = | 73 (0.740) | 8 (0.090) | 5/140 | NT | 12.2% | intergenic (+22/+201) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1766721 = | 51 (0.590) | intergenic (+65/+158) | tag/USA300HOU_RS08820 | DNA‑3‑methyladenine glycosylase 1/hypothetical protein | |||||
TTTTTAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACGAGACATCATCTATTTTTAACTAATAGACTGTCTCGTTTTTTAATGTGAAAATTTATTCAAATCATAAGTTAAAGTTCCAAGTTAAT > USA300TCH1516_ALE/1766588‑1766768 | gtacatctatttttagattaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaa < 1:695185‑M1/1‑1 (MQ=255) tacatctatttttagattaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaaa < 1:609493‑M1/2‑1 (MQ=255) tacatctatttttagattaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaaa < 1:1296834‑M1/2‑1 (MQ=255) tAGAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCATAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACg > 1:4140288/1‑91 (MQ=255) tctatttttaggttaagatatctaatattagcagagcattaacttggaactttaacttatgatttgaataaattttcacattaaaAAACga < 1:739274‑M1/6‑1 (MQ=255) gAAGCAGCCGGTTTATATGATGCACATTTACAAGATTGTCCATCAAAGCCTAAACATAATTAATTTGCTATAGCATCATAAAGTAAACgag < 1:2859772/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |