| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1775185 = | 88 (0.890) | 12 (0.140) | 7/142 | NT | 14.1% | intergenic (‑78/+76) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1775239 = | 68 (0.780) | intergenic (‑132/+22) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX | |||||
TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1775282‑1775185‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTC > USA300TCH1516_ALE/1775239‑1775326 TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGG < 1:2652811/91‑1TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGG < 1:1669653/91‑1 AATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGA < 1:282119/91‑1 TAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGC < 1:618788/91‑1 TAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGC > 1:2320171/1‑91 TAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGC > 1:2042440/1‑91 TAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGC > 1:2041813/1‑91 TAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGC > 1:1475866/1‑91 AGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTTATCGGAGCT < 1:2086064/91‑1 AGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCT < 1:3243634/91‑1 TAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTT < 1:212292/91‑1 GCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTA > 1:3353160/1‑91 CTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTAT > 1:2982435/1‑91 TCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATT > 1:4022685/1‑91 TCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATT > 1:4022636/1‑91 CCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTA > 1:2265116/1‑91 CCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTA > 1:2856014/1‑91 CAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTAT > 1:3865050/1‑91 AATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATT > 1:1863412/1‑91 AATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATT > 1:1841252/1‑91 AATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATT > 1:1841136/1‑91 AATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATT > 1:1703715/1‑91 TTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAAT > 1:1925247/1‑91 GGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTC < 1:1355137/91‑1 GGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTC < 1:1354672/91‑1 gGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAG < 1:582960/90‑1 AGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAG > 1:4038668/1‑91 AGCATTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATGGTTCTGGTTCAG < 1:3211441/91‑1 GCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGT < 1:3454487/91‑1 TTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTC < 1:502475/91‑1 TAATAGTAAAACATCAGCTTAATCATTGATGTGTTATAAAAGTGAAAAGCTCCAATCAAAGTTGACGCTCAAATAGTTTAACTTTGATCGGAGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1775282‑1775185‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTC > USA300TCH1516_ALE/1775239‑1775326 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |