| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1775185 = | 88 (0.890) | 12 (0.140) | 7/142 | NT | 14.1% | intergenic (‑78/+76) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1775239 = | 68 (0.780) | intergenic (‑132/+22) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAATTGCCTTCTGCGTCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTTC > USA300TCH1516_ALE/1775149‑1775329 | ttATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTc > 1:3559863/1‑91 (MQ=255)ttATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTc < 1:1151763/91‑1 (MQ=255)ttATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTc < 1:3925352/91‑1 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 1:965957/91‑1 (MQ=255) tatataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCa < 1:3605222/91‑1 (MQ=255) atataATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCAc < 1:2890886/91‑1 (MQ=255) aataTTTGAGCCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACtttt < 1:3582950/91‑1 (MQ=255) aataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACtttt < 1:228412/91‑1 (MQ=255) aataTTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACtttt < 1:228513/91‑1 (MQ=255) atatTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTta > 1:2652537/1‑91 (MQ=255) atatTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTta > 1:1965840/1‑91 (MQ=255) atatTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTta < 1:3403619/91‑1 (MQ=255) tatTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTtat > 1:2523904/1‑91 (MQ=255) atTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTtata > 1:1568101/1‑91 (MQ=255) gAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAacac > 1:1654605/1‑91 (MQ=255) aaCCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAAcaca > 1:3786493/1‑91 (MQ=255) aaCCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAAcaca > 1:3786244/1‑91 (MQ=255) aCCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACAt > 1:2922963/1‑91 (MQ=255) aCCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACAt > 1:343954/1‑91 (MQ=255) aCCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACAt > 1:343915/1‑91 (MQ=255) ccTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATc < 1:885959/91‑1 (MQ=255) cTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGCTCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCa < 1:2309114/91‑1 (MQ=255) tttCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCaa < 1:2689879/91‑1 (MQ=255) tttCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCaa < 1:468359/91‑1 (MQ=255) ttCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAAt > 1:3560492/1‑91 (MQ=255) ataCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTaa > 1:2466567/1‑91 (MQ=255) taCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAg < 1:2555989/91‑1 (MQ=255) taCATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAg < 1:2556139/91‑1 (MQ=255) cATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCt < 1:257870/91‑1 (MQ=255) ttATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGa > 1:3700463/1‑91 (MQ=255) ataAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTAGTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATg < 1:3323310/91‑1 (MQ=255) ataAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTAATTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATg > 1:1744369/1‑91 (MQ=255) AAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTa < 1:212292‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACt < 1:3243634‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCTCCGATAAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACt < 1:2086064‑M1/91‑1 (MQ=255) gctccaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACta > 1:3353160‑M2/51‑91 (MQ=255) GCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACta > 1:2042440‑M1/1‑91 (MQ=255) GCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACta > 1:2320171‑M1/1‑91 (MQ=255) GCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACta > 1:1475866‑M1/1‑91 (MQ=255) GCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACta < 1:618788‑M1/91‑1 (MQ=255) ctccaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtat > 1:2982435‑M2/50‑91 (MQ=255) tccaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatt > 1:4022636‑M2/49‑91 (MQ=255) tccaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatt > 1:4022685‑M2/49‑91 (MQ=255) TCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatt < 1:282119‑M1/91‑1 (MQ=255) ccaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta > 1:2856014‑M2/48‑91 (MQ=255) ccaatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta > 1:2265116‑M2/48‑91 (MQ=255) CCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta < 1:1669653‑M1/91‑1 (MQ=255) CCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtatta < 1:2652811‑M1/91‑1 (MQ=255) caatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACtattat > 1:3865050‑M2/47‑91 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt > 1:2826407/1‑91 (MQ=255) gATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt < 1:3923060/91‑1 (MQ=255) aatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt > 1:1703715‑M2/46‑91 (MQ=255) aatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt > 1:1841136‑M2/46‑91 (MQ=255) aatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt > 1:1841252‑M2/46‑91 (MQ=255) aatcaaagttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTattatt > 1:1863412‑M2/46‑91 (MQ=255) aTCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTAttatta > 1:1835497/1‑91 (MQ=255) aTCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTAttatta > 1:3170971/1‑91 (MQ=255) tCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTattaa < 1:1578455/91‑1 (MQ=255) tCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTattaa < 1:1578423/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTattaatt > 1:2067229/1‑91 (MQ=255) aaaGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTattaatt > 1:2067053/1‑91 (MQ=255) ttgacgctcaaatagtttaactttgatcggagcttttCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATGTTTTACTATTATTAATTAAAt > 1:1925247‑M2/38‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |