| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1775185 = | 88 (0.890) | 12 (0.140) | 7/142 | NT | 14.1% | intergenic (‑78/+76) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1775239 = | 68 (0.780) | intergenic (‑132/+22) | engB/clpX | putative GTP‑binding protein EngB/ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX | |||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
ATTAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGAGCTTTTCACTTTTATAACACATCAATGATTAAGCTGATG > USA300TCH1516_ALE/1775096‑1775271 | aTTAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATaaaa < 1:695677/91‑1 (MQ=255) tAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATaaaaaa < 1:2174277/91‑1 (MQ=255) tAACTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATaaaaaa < 1:4040042/91‑1 (MQ=255) aaCTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAg > 1:3814677/1‑91 (MQ=255) actgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGc < 1:3454487‑M1/6‑1 (MQ=255) aCTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGc > 1:2911028/1‑91 (MQ=255) aCTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGc > 1:109095/1‑91 (MQ=255) aCTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGc > 1:397521/1‑91 (MQ=255) aCTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGc > 1:1916337/1‑91 (MQ=255) aCTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGc > 1:236044/1‑91 (MQ=255) ctgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAgcc < 1:582960‑M1/7‑2 (MQ=255) ctgaaccagaactatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCt > 1:4038668‑M1/85‑91 (MQ=255) ctgaaccagaaccatacgacgcagaaggcaatttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAATGCt < 1:3211441‑M1/7‑1 (MQ=255) cTTTCATTTTATATCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCt < 1:3417823/91‑1 (MQ=255) 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atCCTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGtt < 1:3464015/91‑1 (MQ=255) ccTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTaa < 1:2371948/91‑1 (MQ=255) ccTCACTTTTTTATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCAATCAAAGttga > 1:2993869/1‑89 (MQ=255) ttttATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTg < 1:1271388/91‑1 (MQ=255) ttATATTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTAAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAg > 1:3497361/1‑91 (MQ=255) atatTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCg > 1:2395884/1‑91 (MQ=255) atTCTCTTTCAATTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTc < 1:260359/91‑1 (MQ=255) atttaattaataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCaa > 1:1925247‑M1/55‑91 (MQ=255) 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aataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGAtt > 1:1863412‑M1/47‑91 (MQ=255) aaTTCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGAtt < 1:2600026/91‑1 (MQ=255) ataatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTg > 1:3865050‑M1/46‑91 (MQ=255) ttCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTgg < 1:2440214/91‑1 (MQ=255) ttCTACCATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTgg < 1:2439700/91‑1 (MQ=255) taatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTgg > 1:2856014‑M1/45‑91 (MQ=255) taatagtaaaacatcagcttaatcattgatgtgttataaaagtgAAAAGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTgg > 1:2265116‑M1/45‑91 (MQ=255) tCTAACATTATATAATATTTGAACCTTTCGGTATACATTATAAAAACGCTCCGATCAAAGTTAAACTATTTGAGCGTCAACTTTGATTGGa > 1:3283349/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |