| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1822865 = | 79 (0.800) | 7 (0.080) | 6/142 | NT | 8.4% | intergenic (+186/+60) | USA300HOU_RS09070/ackA | Putative universal stress protein/Acetate kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1822909 = | 82 (0.940) | intergenic (+230/+16) | USA300HOU_RS09070/ackA | Putative universal stress protein/Acetate kinase | |||||
ATTGCCCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1822963‑1822865‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagacgcttAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAACT > USA300TCH1516_ALE/1822909‑1822997 ATTGCCCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGT > 1:2233534/1‑91ATTGCCCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGT < 1:3365381/91‑1ATTGCCCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGT < 1:3365343/91‑1 TGCCCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAG < 1:1828109/91‑1 TGCCCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAG < 1:2505454/91‑1 GCCCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGA > 1:1454968/1‑91 CCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATTATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACG < 1:3529812/91‑1 CCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACG > 1:895373/1‑91 CCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACG > 1:894114/1‑91 CCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACG > 1:711680/1‑91 CCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACG > 1:1886542/1‑91 CCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACG > 1:1886570/1‑91 CCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACG > 1:2490121/1‑91 CGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACGC < 1:3106286/91‑1 TGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACGCTT > 1:49623/1‑91 TTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACGCTTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGA > 1:2812309/1‑91 TTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACGCTTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGA > 1:3967766/1‑91 AATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACGCTTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATA > 1:2671650/1‑91 TATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACGCTTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAA > 1:4088026/1‑91 TCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACGCTTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCAT > 1:2582632/1‑91 CCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACGCTTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAACCATA > 1:3155301/1‑91 ACAATTATATGTAGGAGGTAGACGCTTTTTGTATTGTTTGAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTT > 1:1560913/1‑91 TAGACGCTTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAAC < 1:3358003/91‑1 TAGACGCTTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAAC < 1:431428/91‑1 GACGCTTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGA > 1:2767295/1‑91 ACGCTTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAAgatc > 1:636880/1‑87 GCTTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAA < 1:1482454/91‑1 GCTTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAA < 1:1482993/91‑1 TTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAACT > 1:3895208/1‑91 TTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAACT < 1:2126930/91‑1 TTAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAACT < 1:3392598/91‑1 ATTGCCCGTGATGTTATGACATTCGGTGGTTTAAAATAATTTTTAAATAAATATTAAGCGTCTATCTCCGCTACAATTATATGTAGGAGGTAGACGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1822963‑1822865‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagacgcttAATAT‑TTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAACT > USA300TCH1516_ALE/1822909‑1822997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |