New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1822865 = | 79 (0.800) | 7 (0.080) | 6/142 | NT | 8.4% | intergenic (+186/+60) | USA300HOU_RS09070/ackA | Putative universal stress protein/Acetate kinase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1822909 = | 82 (0.940) | intergenic (+230/+16) | USA300HOU_RS09070/ackA | Putative universal stress protein/Acetate kinase |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAACTTT > USA300TCH1516_ALE/1822821‑1822999 | cGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAat < 1:1769970/91‑1 (MQ=255) cGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAat > 1:1449052/1‑91 (MQ=255) gAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt < 1:2907730/91‑1 (MQ=255) gAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt < 1:4018362/91‑1 (MQ=255) gAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatt < 1:2908484/91‑1 (MQ=255) aaGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatttat < 1:3316759/91‑1 (MQ=255) aaGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAAtatttat < 1:348610/91‑1 (MQ=255) gagaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATatttattt > 1:3749765/1‑91 (MQ=255) gagaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATatttattt > 1:3748987/1‑91 (MQ=255) agaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATAtttattta > 1:2105257/1‑91 (MQ=255) gaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaa < 1:916334/91‑1 (MQ=255) gaCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaa < 1:1178634/91‑1 (MQ=255) tcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaa > 1:3967766‑M1/34‑91 (MQ=255) aCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaa > 1:1308390/1‑91 (MQ=255) aCATTACAATAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaa > 1:1376458/1‑91 (MQ=255) cATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaaa < 1:2909977/91‑1 (MQ=255) cATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTaaaa < 1:2910009/91‑1 (MQ=255) tACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAatt > 1:679473/1‑91 (MQ=255) tACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAatt > 1:729313/1‑91 (MQ=255) gTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTaa > 1:304506/1‑91 (MQ=255) gTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTaa > 1:2115352/1‑91 (MQ=255) tAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAac < 1:2782581/91‑1 (MQ=255) tAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAac > 1:3385892/1‑91 (MQ=255) tAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAac < 1:2782668/91‑1 (MQ=255) aaTTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAacc < 1:236906/91‑1 (MQ=255) aaTTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAacc < 1:236986/91‑1 (MQ=255) aaTTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAacc < 1:237833/91‑1 (MQ=255) tttCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAaccacc < 1:3522038/91‑1 (MQ=255) tttCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAaccacc < 1:4133028/91‑1 (MQ=255) tttaaataaatattaagcgtctatctccgctacaattatatgtaggaggtagacgcttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGa > 1:3967766‑M2/59‑91 (MQ=255) tttaaataaatattaagcgtctatctccgctacaattatatgtaggaggtagacgcttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGa > 1:2812309‑M2/59‑91 (MQ=255) tCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGa < 1:3685160/91‑1 (MQ=255) cAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGaa > 1:3175411/1‑91 (MQ=255) cAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGaa > 1:3174060/1‑91 (MQ=255) cAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGaa > 1:2392391/1‑91 (MQ=255) cAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGaa > 1:1488522/1‑91 (MQ=255) aCAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGt > 1:1694150/1‑91 (MQ=255) aCAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGt > 1:521922/1‑91 (MQ=255) cAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTc < 1:3445763/91‑1 (MQ=255) aaTACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCa > 1:1053279/1‑91 (MQ=255) tACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGCAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATa > 1:3511098/1‑91 (MQ=255) aatattaagcgtctatctccgctacaattatatgtaggaggtagacgcttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATa > 1:2671650‑M2/51‑91 (MQ=255) aCAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATaa < 1:955697/91‑1 (MQ=255) cAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAAc > 1:1895911/1‑91 (MQ=255) aaaGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATc < 1:126998/91‑1 (MQ=255) aaaGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATc > 1:729825/1‑91 (MQ=255) AAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCa > 1:49623‑M1/1‑91 (MQ=255) GCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACg < 1:3106286‑M1/91‑1 (MQ=255) CGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACgg > 1:895373‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACgg > 1:711680‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACgg > 1:2490121‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACgg > 1:894114‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACgg > 1:1886570‑M1/1‑91 (MQ=255) CGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACgg > 1:1886542‑M1/1‑91 (MQ=255) CTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCa < 1:1828109‑M1/91‑1 (MQ=255) tatctccgctacaattatatgtaggaggtagacgcttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCaa > 1:4088026‑M2/38‑91 (MQ=255) ACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAAt < 1:3365381‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAAt > 1:2233534‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAAt < 1:3365343‑M1/91‑1 (MQ=255) ctcctACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATCATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCa > 1:2049319/1‑91 (MQ=255) tcctACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCAt > 1:2426314/1‑91 (MQ=255) tccgctacaattatatgtaggaggtagacgcttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCAt > 1:2582632‑M2/34‑91 (MQ=255) ccgctacaattatatgtaggaggtagacgcttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAACCATa > 1:3155301‑M2/33‑91 (MQ=255) ctACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATAc < 1:31163/91‑1 (MQ=255) ctACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATAc < 1:3019616/91‑1 (MQ=255) ctACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATAc > 1:2827351/1‑91 (MQ=255) ctACATATAATTATAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATAc > 1:3177839/1‑91 (MQ=255) tACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACt < 1:1678754/91‑1 (MQ=255) tACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACt < 1:1679304/91‑1 (MQ=255) aCATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACtt < 1:2621801/91‑1 (MQ=255) aCATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACtt < 1:2882383/91‑1 (MQ=255) cATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACttt > 1:2834019/1‑91 (MQ=255) atatAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttc > 1:3197812/1‑91 (MQ=255) tataATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttct < 1:1091450/91‑1 (MQ=255) ataATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttctt < 1:3147531/91‑1 (MQ=255) ataATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttctt < 1:806793/91‑1 (MQ=255) taATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttcttc < 1:3553618/91‑1 (MQ=255) taATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttcttc < 1:511312/91‑1 (MQ=255) taATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttcttc < 1:511092/91‑1 (MQ=255) taATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttcttc > 1:1371075/1‑91 (MQ=255) taATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTttcttc > 1:1371258/1‑91 (MQ=255) aTTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCAt > 1:3793916/1‑91 (MQ=255) gTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTg > 1:4121433/1‑91 (MQ=255) gTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTg > 1:2631926/1‑91 (MQ=255) tAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGt > 1:617088/1‑91 (MQ=255) cGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTgg < 1:1475330/91‑1 (MQ=255) cGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTgg < 1:3082904/91‑1 (MQ=255) gagaTAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGaa > 1:2645409/1‑91 (MQ=255) agaTAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAAt > 1:2265449/1‑91 (MQ=255) gaTAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATa > 1:1299405/1‑91 (MQ=255) tagacgcttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAAc < 1:431428‑M2/82‑1 (MQ=255) gacgcttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGa > 1:2767295‑M2/8‑91 (MQ=255) acgcttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGgaataagatc > 1:636880‑M2/7‑87 (MQ=255) gcttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACaa < 1:1482454‑M2/87‑1 (MQ=255) gcttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACaa < 1:1482993‑M2/87‑1 (MQ=255) ttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAACt < 1:2126930‑M2/89‑1 (MQ=255) ttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAACt < 1:3392598‑M2/89‑1 (MQ=255) ttAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAACt > 1:3895208‑M2/3‑91 (MQ=255) aaTATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAACttt > 1:1282964/1‑91 (MQ=255) aaTATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAACttt < 1:1213785/91‑1 (MQ=255) | CGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCACGGGCAATCATACTTTCTTCATCTGTTGGAATAACGACAACTTT > USA300TCH1516_ALE/1822821‑1822999 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |