| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1822865 = | 79 (0.800) | 7 (0.080) | 6/142 | NT | 8.4% | intergenic (+186/+60) | USA300HOU_RS09070/ackA | Putative universal stress protein/Acetate kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1822909 = | 82 (0.940) | intergenic (+230/+16) | USA300HOU_RS09070/ackA | Putative universal stress protein/Acetate kinase | |||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TAATGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATAGACGCTTAATATTTATTTAAAAATTATTTTAAACCACCGAATGTCATAACATCA > USA300TCH1516_ALE/1822775‑1822955 | agttgtcgttattccaacagatgaagaaagtatgattgcccgtgatgttatgacattcggtggtttaaaataatttttaaataaatattaa > 1:3895208‑M1/90‑91 (MQ=255) agttgtcgttattccaacagatgaagaaagtatgattgcccgtgatgttatgacattcggtggtttaaaataatttttaaataaatattaa < 1:3392598‑M1/2‑1 (MQ=255) agttgtcgttattccaacagatgaagaaagtatgattgcccgtgatgttatgacattcggtggtttaaaataatttttaaataaatattaa < 1:2126930‑M1/2‑1 (MQ=255) aaTGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAA < 1:242374‑M1/91‑1 (MQ=255) ttgtcgttattccaacagatgaagaaagtatgattgcccgtgatgttatgacattcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGc < 1:1482454‑M1/4‑1 (MQ=255) tGTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGC < 1:2427720‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCG < 1:3096350‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTTTCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGCTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCG > 1:3869111‑M1/1‑91 (MQ=255) tcgttattccaacagatgaagaaagtatgattgcccgtgatgttatgacattcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGCGTc > 1:2767295‑M1/85‑91 (MQ=255) ttCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCT > 1:2456555‑M1/1‑91 (MQ=255) ttCATAATCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAACATACTCGTGAAACGAGACATTACACCAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCT > 1:3313845‑M1/1‑91 (MQ=255) gttattccaacagatgaagaaagtatgattgcccgtgatgttatgacattcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGCGTCTa < 1:431428‑M1/9‑1 (MQ=255) aaTCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcctc > 1:1655392/1‑91 (MQ=255) aTCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcctcc < 1:3276675/91‑1 (MQ=255) aTCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcctcc < 1:2583230/91‑1 (MQ=255) aTCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcctcc < 1:3121666/91‑1 (MQ=255) aTCTTCTTCGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAcctcc < 1:3122178/91‑1 (MQ=255) tcttctTCGACTACTTAATCCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGACTAcctcct > 1:187637/1‑91 (MQ=255) tcttcGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACa < 1:1501226/91‑1 (MQ=255) cttcGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACat < 1:3620411/91‑1 (MQ=255) tcGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGCCATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACatat > 1:3496096/1‑91 (MQ=255) cGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACAtata < 1:1006763/91‑1 (MQ=255) cGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACAtata > 1:2998147/1‑91 (MQ=255) cGACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCCCCTACAtata < 1:3020021/91‑1 (MQ=255) gACTACTTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATaa < 1:1052745/91‑1 (MQ=255) tactTAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTg < 1:727237/91‑1 (MQ=255) aaagtatgattgcccgtgatgttatgacattcggtggtttaaaataattttcaaacaatacaaaAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGt > 1:1560913‑M1/65‑91 (MQ=255) tAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGc > 1:3048916/1‑91 (MQ=255) tAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGc > 1:3048828/1‑91 (MQ=255) tAATTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGc < 1:2715262/91‑1 (MQ=255) aaTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCg < 1:3824242/91‑1 (MQ=255) aaTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCg > 1:849318/1‑91 (MQ=255) aTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCgg > 1:2999783/1‑91 (MQ=255) aTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCgg > 1:1759478/1‑91 (MQ=255) aTTCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCgg > 1:1200704/1‑91 (MQ=255) ttCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacagttatatgtagga < 1:3186088‑M1/91‑25 (MQ=255) ttCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGga < 1:2403612/91‑1 (MQ=255) atgattgcccgtgatgttatgacattcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGga > 1:2582632‑M1/59‑91 (MQ=255) tCTTTAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGgag > 1:747971/1‑91 (MQ=255) ttgcccgtgatgttatgacattcggtggtttaaaataatttttaaataaatattAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGATa > 1:4088026‑M1/55‑91 (MQ=255) ttAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAta < 1:2216423‑M2/91‑3 (MQ=255) tAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAAGAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatatgtaggaggtag < 1:3316064‑M1/91‑30 (MQ=255) tAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatatgtaggaggtag < 1:732360‑M1/91‑30 (MQ=255) tAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTAtctccgctacaattatatgtaggaggtag < 1:180695‑M1/91‑30 (MQ=255) tAAGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtag < 1:1404146‑M2/91‑4 (MQ=255) aaGATATTCGTGAAAAGAGACATTACACTAGTTAATTTTCAAACAATACAAAAAGCGTCTACCTCCTACATATAATTGTAGCGGAGAtaga > 1:589303‑M2/1‑87 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |