| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1836947 | 64 (0.650) | 6 (0.070) | 6/132 | NT | 9.9% | intergenic (+31/+119) | serA/gph_2 | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/Phosphoglycolate phosphatase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1836967 | 57 (0.700) | intergenic (+51/+99) | serA/gph_2 | D‑3‑phosphoglycerate dehydrogenase/Phosphoglycolate phosphatase | |||||
TATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1836844‑1836947‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaatgccaagaagCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTT < USA300TCH1516_ALE/1836967‑1836882 TATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCA < 1:526544/91‑1 ATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCCAATTTTCACAACTGAATTGACTGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAA > 1:3307971/1‑91 ATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAA > 1:2561770/1‑91 ATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAA > 1:479408/1‑91 AATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAA > 1:109223/1‑91 ATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAtg < 1:1895514/91‑3 TTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATG < 1:149254/91‑1 GATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCC > 1:1343064/1‑91 ATGAACTTACACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCA < 1:3968512/91‑1 ATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCA > 1:1512039/1‑91 ATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCA > 1:1512876/1‑91 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA > 1:2653931/1‑91 TGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAA < 1:1455363/91‑1 GAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAG < 1:2699035/91‑1 GAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAG < 1:2805029/91‑1 ACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAA > 1:3811691/1‑91 ACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAA > 1:181052/1‑91 CTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG < 1:936939/91‑1 CTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG > 1:1271987/1‑91 AAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGA < 1:2868583/91‑1 ACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATG < 1:2972479/91‑1 CAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGT < 1:1925965/91‑1 AATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTC < 1:338960/91‑1 AAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCT < 1:1453831/91‑1 TTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCA < 1:2316820/91‑1 AAAATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTG < 1:1438520/91‑1 AATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 1:2733523/91‑1 AATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 1:2187874/91‑1 AATGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTG < 1:2015863/91‑1 TGCCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAA > 1:3647986/1‑91 CCAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAA > 1:948340/1‑91 CAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT < 1:3142604/91‑1 CAAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAAT > 1:940107/1‑91 AAGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATT > 1:2171356/1‑91 AGAAGCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAccat > 1:339524/1‑87 TATAATTGATGAACTTAAACAAGTTGGTGAATACAATCAAATTTTCACAACTGAATTGACGGTACAGTCATAAACAATTTATGTAAATTCAAAATGCCAAGAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1836844‑1836947‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaatgccaagaagCAATGGAAGTAATCCAATGTCTTCTTGGCATTTTGAATTTACATAAATTGTTTATGACTGTACCGTCAATTCAGTTGTGAAAATTT < USA300TCH1516_ALE/1836967‑1836882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |