| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1841984 = | 61 (0.620) | 8 (0.100) | 6/134 | NT | 12.6% | intergenic (+24/+70) | htrA/tyrS | Serine protease Do‑like HtrA/Tyrosine‑‑tRNA ligase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1842029 = | 60 (0.730) | intergenic (+69/+25) | htrA/tyrS | Serine protease Do‑like HtrA/Tyrosine‑‑tRNA ligase | |||||
AGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1842085‑1841984‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgagtaggctctAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCATCA > USA300TCH1516_ALE/1842029‑1842117 AGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑AT > 1:80417/1‑91AGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑AT > 1:2052028/1‑91 GAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATG > 1:1344068/1‑91 GAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATG < 1:1922726/91‑1 GAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATG < 1:1922115/91‑1 GAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATG < 1:1922050/91‑1 GAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATG > 1:944542/1‑91 AAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGA < 1:3391373/91‑1 AAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGA < 1:3684857/91‑1 AAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGA < 1:1492907/91‑1 AAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGT > 1:1100726/1‑91 AAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGT < 1:3752114/91‑1 AAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGT < 1:3752173/91‑1 AAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGT < 1:1372845/91‑1 AAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGT < 1:1372573/91‑1 AATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAG < 1:995150/91‑1 AATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAG < 1:3347931/91‑1 AATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCAT‑TACATTCTTAGGAATGAATATGAGTAG < 1:1687775/91‑1 ATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGG < 1:3926725/91‑1 ACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCGTAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCT < 1:3396645/91‑1 ACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCT > 1:506969/1‑91 ACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCT > 1:506845/1‑91 ACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCT < 1:129146/91‑1 CTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTC > 1:3911569/1‑91 CTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTC > 1:3563758/1‑91 CTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTC > 1:3911413/1‑91 TCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTT > 1:3155689/1‑91 ATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCT > 1:705999/1‑91 ATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCT > 1:1919270/1‑91 TATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTCTAATTCATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTT > 1:3500892/1‑91 ATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAGCCATGAAGCATTTTTTCTTA > 1:3758050/1‑91 ATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTA > 1:3059851/1‑91 TTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTAC > 1:1418323/1‑91 TTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTAC > 1:1418068/1‑91 TGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAA > 1:2200611/1‑91 TGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAA > 1:2200634/1‑91 TGAGTAGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAA > 1:2518189/1‑91 AGGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGC > 1:525098/1‑91 GGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCC < 1:114457/91‑1 GGCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCC > 1:2758963/1‑91 GCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCA > 1:373407/1‑91 GCTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCA < 1:1863423/91‑1 CTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCAT > 1:2962559/1‑91 CTCTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCAT > 1:2962301/1‑91 CTAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCATCA > 1:174409/1‑91 AGAAAAAATACTTCATGGTTAACTATCAATAAATATAATTGCATAGCTAAATAAATTAGAGCCTACTCATATTCATTCCTAAGAATGTA‑ATGAGTAGGCTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1842085‑1841984‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgagtaggctctAATTTATTTAGCTATGCAATTATATTTATTGATAGTTAACCATGAAGTATTTTTTCTTACCGCGACGAATAATCGTAAATTCGCCATCA > USA300TCH1516_ALE/1842029‑1842117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |