| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1858390 = | 105 (1.070) | 7 (0.090) | 6/126 | NT | 8.4% | intergenic (‑17/+57) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1858437 = | 70 (0.900) | intergenic (‑64/+10) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
GTAGCAACTGATGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1858494‑1858390‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atttaagtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTCCACGAC > USA300TCH1516_ALE/1858437‑1858526 GTAGCAACTGATGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATT < 1:2159142/91‑1GTAGCAACTGATGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATT < 1:2160100/91‑1 GCAACTGATGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAA > 1:355790/1‑91 GCAACTGATGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAA > 1:2648915/1‑91 CAACTGATGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAG > 1:3646978/1‑91 CAACTGATGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAG < 1:3696974/91‑1 CTGATGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGC < 1:1995226/91‑1 ATGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATT > 1:1018901/1‑91 ATGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATT > 1:1341742/1‑91 ATGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATT > 1:1397706/1‑91 TGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTT < 1:232928/91‑1 GCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTTG > 1:3884141/1‑91 AAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTTGTT > 1:3868383/1‑91 TGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGGTTTGCGTCA > 1:3732222/1‑91 GCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAG > 1:4059004/1‑91 CTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTG > 1:2128906/1‑91 CTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTG > 1:2128261/1‑91 TTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGC > 1:1017455/1‑91 ATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTTGTTCAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTCGCATCAGTTGCTACA < 1:3543523/91‑1 GAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATT > 1:3193704/1‑91 TTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATT < 1:844469/91‑1 TTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATT < 1:1861112/91‑1 TTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATT < 1:4054579/91‑1 TAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTT < 1:833191/91‑1 TAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTT > 1:287994/1‑91 AGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGC > 1:2805189/1‑91 AGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGC > 1:2223641/1‑91 AGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATGTGC > 1:3267238/1‑91 AGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATATGC > 1:3267570/1‑91 GTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCA > 1:520270/1‑91 GTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCA < 1:3252140/91‑1 TGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCAC < 1:1945088/91‑1 TGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCAC < 1:1944677/91‑1 TGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTAGCAC > 1:3453919/1‑91 TTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTCC > 1:1963572/1‑91 TTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTCC > 1:814514/1‑91 TTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTCCACGAC > 1:3207894/1‑91 GTAGCAACTGATGCAAATCATAGCTATACTTCTAGAGTAGATAAATAATTAATAATTAAACAAATGCACTTAAATGAGGTTGTTACTTATTTAAGTGCATTTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1858494‑1858390‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atttaagtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTCCACGAC > USA300TCH1516_ALE/1858437‑1858526 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |