| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1858390 = | 105 (1.070) | 7 (0.090) | 6/126 | NT | 8.4% | intergenic (‑17/+57) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1858437 = | 70 (0.900) | intergenic (‑64/+10) | USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
CGGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTT > USA300TCH1516_ALE/1858300‑1858480 | gtcgtggaagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaa > 1:3207894‑M1/91‑91 (MQ=255)cGGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCtata < 1:3921153/91‑1 (MQ=255) gTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAAc < 1:4129435/91‑1 (MQ=255) gTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAAc < 1:4127987/91‑1 (MQ=255) tttGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACa < 1:2787092/91‑1 (MQ=255) tGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACaaa < 1:1788431/91‑1 (MQ=255) ggaagtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACaaa > 1:1963572‑M1/86‑91 (MQ=255) ggTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATATTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTCGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAAt > 1:3682083/1‑91 (MQ=255) gTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATg < 1:2616235/91‑1 (MQ=255) gTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATg < 1:47975/91‑1 (MQ=255) tAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGc > 1:769161/1‑91 (MQ=255) gtgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCa < 1:1944677‑M1/10‑1 (MQ=255) aGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCa < 1:3064362/91‑1 (MQ=255) tgcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCAc > 1:520270‑M1/81‑91 (MQ=255) gTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCAc < 1:2560212/91‑1 (MQ=255) gTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCAc < 1:1229746/91‑1 (MQ=255) gTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCAc < 1:2902932/91‑1 (MQ=255) gTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCAc > 1:2135215/1‑91 (MQ=255) gcacattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACt > 1:3267238‑M1/80‑91 (MQ=255) gcaaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACt > 1:2805189‑M1/80‑91 (MQ=255) ggTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACtt < 1:3401136/91‑1 (MQ=255) gTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTa < 1:1655602/91‑1 (MQ=255) aaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTa < 1:833191‑M1/14‑1 (MQ=255) aaattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTa > 1:287994‑M1/78‑91 (MQ=255) ttCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGCTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTaa < 1:3537954/91‑1 (MQ=255) aattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTaa < 1:4054579‑M1/15‑1 (MQ=255) aattacaaagctaataatgtagcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTaa < 1:844469‑M1/15‑1 (MQ=255) tCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTaaa < 1:2753806/91‑1 (MQ=255) tttGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAg > 1:1974541/1‑91 (MQ=255) ttGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGt < 1:866147/91‑1 (MQ=255) gATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaa > 1:432034/1‑91 (MQ=255) aTAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaac > 1:1486466/1‑91 (MQ=255) tAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaaca < 1:2059451/91‑1 (MQ=255) aGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaacaac < 1:2690593/91‑1 (MQ=255) aGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTaacaac < 1:2579390/91‑1 (MQ=255) gtgtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAAcc < 1:1328179/91‑1 (MQ=255) tgtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCt > 1:1286070/1‑91 (MQ=255) tgtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCt < 1:1129051/91‑1 (MQ=255) gtgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTc > 1:609062/1‑91 (MQ=255) tgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCa < 1:2192144/91‑1 (MQ=255) tgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCa < 1:2193225/91‑1 (MQ=255) tgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCa < 1:2192497/91‑1 (MQ=255) tgtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCa < 1:2193587/91‑1 (MQ=255) tgtagcaactgatgcgaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattgAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCAt < 1:3543523‑M1/32‑1 (MQ=255) gtTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTCGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCAt > 1:1061533/1‑91 (MQ=255) tATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTa < 1:737415/91‑1 (MQ=255) tATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTa < 1:2230883/91‑1 (MQ=255) gcaactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTaa > 1:1017455‑M1/56‑91 (MQ=255) ttttttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAg < 1:1255151/91‑1 (MQ=255) caactgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAg > 1:2128906‑M1/55‑91 (MQ=255) ctgatgcaaatcatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGc > 1:4059004‑M1/52‑91 (MQ=255) ttAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCa < 1:2553729/91‑1 (MQ=255) tgacgcaaaccatagctatacttctagagtagataaataattaataattaAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCa > 1:3732222‑M1/51‑91 (MQ=255) tAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCAt > 1:323888/1‑91 (MQ=255) aaTGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCAtt < 1:2004551/91‑1 (MQ=255) aaTGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCAtt < 1:2005664/91‑1 (MQ=255) tGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTg > 1:205052/1‑91 (MQ=255) gTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGTACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGt < 1:3491473/91‑1 (MQ=255) tCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACATCCTCATTTAAGTGCATTTGttt < 1:4132584/91‑1 (MQ=255) tCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGttt > 1:2752740/1‑91 (MQ=255) cTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTtta > 1:1476774/1‑91 (MQ=255) tttATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaat < 1:2263211/91‑1 (MQ=255) tATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaatta < 1:3894660/91‑1 (MQ=255) aTCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattat < 1:2285621/91‑1 (MQ=255) cATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatta < 1:608509/91‑1 (MQ=255) cATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatta < 1:2513776/91‑1 (MQ=255) ttttGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttgattattaat > 1:3426905/1‑91 (MQ=255) tttGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaatt < 1:2999012/91‑1 (MQ=255) ttgttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaatta > 1:3454327/1‑91 (MQ=255) ttgttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaatta > 1:3454850/1‑91 (MQ=255) ttgttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaatta < 1:3158755/91‑1 (MQ=255) ttgttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattattaatta < 1:3158525/91‑1 (MQ=255) tgttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTtaattattaattat > 1:3364609/1‑91 (MQ=255) tgttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTtaattattaattat > 1:896317/1‑91 (MQ=255) gttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTaattattaattatt > 1:1866480/1‑91 (MQ=255) ctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATc < 1:4023397/91‑1 (MQ=255) tgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCt < 1:1035971/91‑1 (MQ=255) tgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGGAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCt < 1:3309697/91‑1 (MQ=255) cATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTActct < 1:3512033/91‑1 (MQ=255) cATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTActct < 1:1335770/91‑1 (MQ=255) aTTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTa < 1:1017929/91‑1 (MQ=255) aTTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTa < 1:3261752/91‑1 (MQ=255) ttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCGCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGa < 1:3297485/91‑1 (MQ=255) tGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGaa > 1:1182185/1‑91 (MQ=255) tatCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtat < 1:163796/91‑1 (MQ=255) atCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGtata < 1:2481873/91‑1 (MQ=255) tcctccTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAg < 1:2337721/91‑1 (MQ=255) tcctccTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAg < 1:450198/91‑1 (MQ=255) cctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGc < 1:2649915/91‑1 (MQ=255) cctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGc > 1:3470580/1‑91 (MQ=255) ctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCt < 1:2895033/91‑1 (MQ=255) ctcctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCt < 1:1800847/91‑1 (MQ=255) cctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTAt > 1:3416948/1‑91 (MQ=255) cctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTAt < 1:2358618/91‑1 (MQ=255) ctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATg < 1:810172/91‑1 (MQ=255) ctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATg < 1:810237/91‑1 (MQ=255) taACAAATGGACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAtt < 1:3975792/91‑1 (MQ=255) taACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAtt > 1:3794998/1‑91 (MQ=255) taACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAtt > 1:1567398/1‑91 (MQ=255) AACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGAttt > 1:3868383‑M1/1‑91 (MQ=255) | CGGTTTGGTAGTGGTTCATTTTGATAAGTGTGTTTATTTTTTAATGTTCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTT > USA300TCH1516_ALE/1858300‑1858480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |