BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	1858390 =	105 (1.070)	7 (0.090)	6/126	NT	8.4%	intergenic (‑17/+57)	USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240	hypothetical protein/hypothetical protein
*	?	USA300TCH1516_ALE	1858437 =	70 (0.900)	7 (0.090)	6/126	NT	8.4%	intergenic (‑64/+10)	USA300HOU_RS09235/USA300HOU_RS09240	hypothetical protein/hypothetical protein

Only 100 of 120 total aligned reads displayed.

TCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTCCACGAC  >  USA300TCH1516_ALE/1858347‑1858526

tCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACATCCTCATTTAAGTGCATTTGttt                                                                                           <  1:4132584/91‑1 (MQ=255)

tCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGttt                                                                                           >  1:2752740/1‑91 (MQ=255)

 cTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTtta                                                                                          >  1:2428950/1‑91 (MQ=255)

 cTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTtta                                                                                          >  1:1476774/1‑91 (MQ=255)

   tttATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaat                                                                                        <  1:2263211/91‑1 (MQ=255)

     tATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaatta                                                                                      <  1:3894660/91‑1 (MQ=255)

      aTCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattat                                                                                     <  1:2285621/91‑1 (MQ=255)

        cATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatta                                                                                   <  1:772446/91‑1 (MQ=255)

        cATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatta                                                                                   <  1:2513776/91‑1 (MQ=255)

        cATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatta                                                                                   <  1:103816/91‑1 (MQ=255)

        cATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttaattatta                                                                                   <  1:608509/91‑1 (MQ=255)

          ttttGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTttgattattaat                                                                                 >  1:3426905/1‑91 (MQ=255)

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              gttgCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTaattattaattatt                                                                             >  1:1866480/1‑91 (MQ=255)

                 gctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttatttat                                                                          <  1:125168/91‑1 (MQ=255)

                 gctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAAttatttat                                                                          >  1:3735187/1‑91 (MQ=255)

                  ctgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATc                                                                         <  1:4023397/91‑1 (MQ=255)

                   tgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCt                                                                        <  1:1035971/91‑1 (MQ=255)

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                   tgcGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGGAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCt                                                                        <  1:3309697/91‑1 (MQ=255)

                     cGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTAc                                                                      >  1:4081795/1‑91 (MQ=255)

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                         aTTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTa                                                                  <  1:3261752/91‑1 (MQ=255)

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                          tttGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAg                                                                 >  1:2714490/1‑91 (MQ=255)

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                            tGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGaa                                                               >  1:1182185/1‑91 (MQ=255)

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                                  tcctccTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAg                                                         <  1:450198/91‑1 (MQ=255)

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                                      cctATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTAt                                                     <  1:2358618/91‑1 (MQ=255)

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                                                            aaGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACatt                               <  1:785476/91‑1 (MQ=255)

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                                                                    acCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCtt                       <  1:2858202/91‑1 (MQ=255)

                                                                      cTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTg                     <  1:3097136/91‑1 (MQ=255)

                                                                      cTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTg                     >  1:2244246/1‑91 (MQ=255)

                                                                      cTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTg                     >  1:2242755/1‑91 (MQ=255)

                                                                           ttaagtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAAtt                <  1:844469‑M2/76‑1 (MQ=255)

                                                                           ttaagtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAAtt                <  1:1861112‑M2/76‑1 (MQ=255)

                                                                            taagtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAAttt               <  1:833191‑M2/77‑1 (MQ=255)

                                                                              agtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGc             >  1:2805189‑M2/13‑91 (MQ=255)

                                                                              agtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGc             >  1:2223641‑M2/13‑91 (MQ=255)

                                                                              agtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATGTGc             >  1:3267238‑M2/13‑91 (MQ=255)

                                                                               gtgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCa            <  1:3252140‑M2/80‑1 (MQ=255)

                                                                                tgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCAc           <  1:1944677‑M2/81‑1 (MQ=255)

                                                                                tgcatttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTAGCAc           >  1:3453919‑M2/11‑91 (MQ=255)

                                                                                    tttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTcc       >  1:814514‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                    tttgttTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTcc       >  1:1963572‑M2/7‑91 (MQ=255)

                                                                                         tTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTCCacgac  >  1:3207894‑M2/2‑91 (MQ=255)

TCTTTTATCATTTTGTTGCTGCGTCATTTGTATATCCTCCTATAACAAATGCACTTAAATAAGTAACAACCTCATTTAAGTGCATTTGTTTAATTATTAATTATTTATCTACTCTAGAAGTATAGCTATGATTTGCATCAGTTGCTACATTATTAGCTTTGTAATTTGCACTTCCACGAC  >  USA300TCH1516_ALE/1858347‑1858526

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.