| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1867679 | 106 (1.080) | 14 (0.160) | 10/142 | NT | 12.1% | intergenic (+53/+72) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1867699 | 110 (1.260) | intergenic (+73/+52) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP | |||||
TGCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1867581‑1867679‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgagccacaTCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACAATGT < USA300TCH1516_ALE/1867699‑1867610 TGCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑T > 1:2743814/1‑91TGCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑T > 1:1615542/1‑91TGCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑T > 1:1513581/1‑91 GCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TG < 1:3049998/91‑1 GCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACAGTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATACATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TG > 1:3680633/1‑91 catcTGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGA > 1:788498/5‑91 catcTGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGA > 1:2744471/5‑91 catcTGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGA > 1:2743911/5‑91 catcTGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGA > 1:913783/5‑91 CAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGA > 1:78325/1‑91 CAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGA > 1:78211/1‑91 CAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGA < 1:44380/91‑1 GATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGC > 1:1407169/1‑91 ATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCC < 1:467272/91‑1 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA > 1:1413962/1‑91 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA > 1:830716/1‑91 TGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCA < 1:3057817/91‑1 GCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCAC < 1:1899800/91‑1 CATGTACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGGCACA < 1:3270911/91‑1 CATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACA > 1:2043811/1‑91 CATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACA > 1:2686836/1‑91 CATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACA < 1:1718992/91‑1 CATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATT < 1:3691525/91‑1 CATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATT < 1:372203/91‑1 TAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGG < 1:2842476/91‑1 AACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGG < 1:2344103/91‑1 ATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGT < 1:1460460/91‑1 AGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCT < 1:1246447/91‑1 AGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTC < 1:255149/91‑1 GAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAT‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCA < 1:1949008/91‑1 AGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAT‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAT < 1:2102504/91‑1 AGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCA < 1:3055764/91‑1 AGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATTGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCA < 1:1683420/91‑1 AGCGTTAATAAGGATTTTATCCAGATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAT‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCAT < 1:1794303/91‑1 GCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAT‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATT < 1:4093860/91‑1 ATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTAC > 1:290812/1‑91 TGAGCCACATCGAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTC < 1:3757262/91‑1 GAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCT < 1:650180/91‑1 GAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCT < 1:650314/91‑1 GAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCT < 1:650482/91‑1 GAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCT > 1:1345705/1‑91 GAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCT > 1:1345683/1‑91 GAGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCT < 1:358576/91‑1 AGCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTA > 1:3940109/1‑91 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 1:1257739/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 1:1079778/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 1:4126550/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 1:61456/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC > 1:1752737/1‑91 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 1:4126536/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 1:2391636/91‑1 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC > 1:2636290/1‑91 GCCACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTAC < 1:2766028/91‑1 ACATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACAAT < 1:679535/91‑1 CATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACAATG > 1:3796178/1‑91 ATCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAGCGCTCTACAATGT < 1:895515/91‑1 TGCAGATGCATATACTGGTGAAGTCATTAACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAA‑TGAGCCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1867581‑1867679‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgagccacaTCCAATCTTACTAATTAGGGTGTGGCTCATTTTTAAGTTTTACGATCCAAATCAAATATGGATAAAATTCGTATTAACGCTCTACAATGT < USA300TCH1516_ALE/1867699‑1867610 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |