| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1867679 | 106 (1.080) | 14 (0.160) | 10/142 | NT | 12.1% | intergenic (+53/+72) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1867699 | 110 (1.260) | intergenic (+73/+52) | USA300HOU_RS09275/ytnP | hypothetical protein/putative quorum‑quenching lactonase YtnP | |||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
ACATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGTTATTATCAACTAATGTTTCACGTAAAATATATGC > USA300TCH1516_ALE/1867610‑1867789 | cATTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtg > 1:3796178‑M2/1‑89 (MQ=255) aTTGTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgt < 1:679535‑M2/91‑4 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc < 1:1079778‑M2/91‑7 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc < 1:1257739‑M2/91‑7 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc < 1:61456‑M2/91‑7 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc < 1:4126536‑M2/91‑7 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc < 1:2766028‑M2/91‑7 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc < 1:2391636‑M2/91‑7 (MQ=255) gTAGAGCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggc > 1:1752737‑M2/1‑85 (MQ=255) agagCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctc < 1:650314‑M2/91‑9 (MQ=255) agagCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctc > 1:1345705‑M2/1‑83 (MQ=255) gagCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTCGAtgtggctca < 1:3757262‑M2/91‑10 (MQ=255) agCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCaa > 1:909053/1‑91 (MQ=255) agCGTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCaa > 1:1029186/1‑91 (MQ=255) gTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAttt < 1:3421118/91‑1 (MQ=255) gTTAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAttt < 1:3421255/91‑1 (MQ=255) ttAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAtttt < 1:740284/91‑1 (MQ=255) tAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAttttt < 1:2410757/91‑1 (MQ=255) tAATACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAttttt < 1:2412270/91‑1 (MQ=255) aaTACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAAtttttt > 1:3368489/1‑91 (MQ=255) tACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAt > 1:1826908/1‑91 (MQ=255) tACGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAt < 1:400829/91‑1 (MQ=255) aCGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtt > 1:2212080/1‑91 (MQ=255) cGAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAttt < 1:737839/91‑1 (MQ=255) gAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTACTTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt > 1:2726291/1‑91 (MQ=255) gAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt < 1:4088610/91‑1 (MQ=255) gAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt < 1:898725/91‑1 (MQ=255) gAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt < 1:25819/91‑1 (MQ=255) gAATTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTAtttt < 1:2442132/91‑1 (MQ=255) aTTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATGTTTTATTTTTg > 1:3760965/1‑91 (MQ=255) aTTTTATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATATTTTATTTTTg > 1:3761130/1‑91 (MQ=255) ttttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGa < 1:3065122/91‑1 (MQ=255) ttttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGa < 1:1795510/91‑1 (MQ=255) ttttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGa < 1:2703164/91‑1 (MQ=255) ttttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGa < 1:847383/91‑1 (MQ=255) ttttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGa < 1:2702868/91‑1 (MQ=255) ttATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGaaa < 1:1863163/91‑1 (MQ=255) tATCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGaaaa < 1:607287/91‑1 (MQ=255) aTCCATATTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAAt < 1:1665066/91‑1 (MQ=255) atatTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGt < 1:2039305/91‑1 (MQ=255) atatTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGt < 1:314296/91‑1 (MQ=255) atatTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTATTGAAAATTTGt > 1:719016/1‑91 (MQ=255) tatTTGATTTGGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGtt < 1:405345/91‑1 (MQ=255) atttgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTaa > 1:3933177/1‑91 (MQ=255) atttgGATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTaa > 1:3124259/1‑91 (MQ=255) ggATCGTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACa < 1:3299270/91‑1 (MQ=255) gTAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctcatttttaagttttacgatccaaatcaaatatggataaaat > 1:290812‑M2/1‑43 (MQ=255) tAAAACTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTa > 1:3570249/1‑91 (MQ=255) aaaCTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTAtt > 1:178698/1‑91 (MQ=255) aaCTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTAttt < 1:1547409/91‑1 (MQ=255) cTTAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTa < 1:413095/91‑1 (MQ=255) ttAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAg < 1:1318546/91‑1 (MQ=255) tAAAAATGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGt < 1:2423106/91‑1 (MQ=255) aaaaaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGtt > 1:3522735/1‑91 (MQ=255) aaaaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGtta > 1:326751/1‑91 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGAtgtggctcaattttaagttttacgatccaaatcaaatatggataaaattcgtattaacgc < 1:4093860‑M2/91‑61 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt > 1:417645/1‑91 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt < 1:2275493/91‑1 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt < 1:2713516/91‑1 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt < 1:3084103/91‑1 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt < 1:3083595/91‑1 (MQ=255) aaTGAGCCACACCCTAATTAGTAAGATTGGATGTGGCTCAATTTTTTATTTTTGAAAATTTGTTTAGTAATACATCTTTATTTTAGttatt < 1:3083571/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |