| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1878597 = | 85 (0.860) | 6 (0.080) | 5/124 | NT | 10.2% | intergenic (+56/+61) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1878652 = | 40 (0.520) | intergenic (+111/+6) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh | |||||
CGGCTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1878704‑1878597‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gttatattaaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATC > USA300TCH1516_ALE/1878652‑1878741 CGGCTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAG < 1:590325/91‑1 GGCTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGT < 1:1127698/91‑1 GGCTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGT < 1:1352623/91‑1 GGCTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGT < 1:2985781/91‑1 GGCTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGT < 1:2924189/91‑1 CTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTA > 1:313117/1‑91 TGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATAT > 1:3125263/1‑91 TGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATAT > 1:3123855/1‑91 GTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATT < 1:4139927/91‑1 TAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAA < 1:4053487/91‑1 AGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAG < 1:102269/91‑1 GCTGGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAGTCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGG < 1:3340163/91‑1 GCTGGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGG < 1:3340105/91‑1 CTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGT > 1:2646554/1‑91 TAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTC < 1:1788988/91‑1 TAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTC < 1:101096/91‑1 TAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTC < 1:1613844/91‑1 AGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCA < 1:693762/91‑1 GAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCAT < 1:3830920/91‑1 AAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATT > 1:2620171/1‑91 AAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATT < 1:1308859/91‑1 AAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATT > 1:4046310/1‑91 AAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATT < 1:1974677/91‑1 TAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAA > 1:1028751/1‑91 AATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAAC > 1:3562289/1‑91 TAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAG > 1:1409323/1‑91 TAACGACAATTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAG > 1:2846021/1‑91 AACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGC > 1:2659851/1‑91 ACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCC > 1:1430786/1‑91 GTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAAT > 1:2562333/1‑91 GTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAAT > 1:3089233/1‑91 GTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAAT < 1:747995/91‑1 GTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAAT > 1:2562124/1‑91 TTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATT < 1:829049/91‑1 ATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCT < 1:628074/91‑1 ATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCT < 1:627964/91‑1 TAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCA < 1:240766/91‑1 AGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCACCTTCTTTCAAT > 1:4121313/1‑91 GTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGG < 1:86693/91‑1 TCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGT > 1:969550/1‑91 TCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGT > 1:970273/1‑91 TCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGT < 1:2789936/91‑1 TTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGattt < 1:761951/91‑5 TTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAA < 1:1866499/91‑1 TTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTGTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGattt < 1:1979084/91‑5 TTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCATCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAAT > 1:3502224/1‑91 TCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATC > 1:3609873/1‑91 TCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATC < 1:1742067/91‑1 TCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATC < 1:1742226/91‑1 TCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATC < 1:2006569/91‑1 CGGCTTTGTTAGCTAGAAGACGTACTAAAAACGAAAAAGAATCATAATTAACGAAATGACCTTAATATAACGACACTTTTTAGTGACTCAGTTATATTAAGGTCATTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1878704‑1878597‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gttatattaaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATC > USA300TCH1516_ALE/1878652‑1878741 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |