New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1878597 = | 85 (0.860) | 6 (0.080) | 5/124 | NT | 10.2% | intergenic (+56/+61) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh |
? | USA300TCH1516_ALE | 1878652 = | 40 (0.520) | intergenic (+111/+6) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCC > USA300TCH1516_ALE/1878566‑1878742 | ctTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTa > 1:3844068/1‑91 (MQ=255) ctTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTa > 1:4070455/1‑91 (MQ=255) tttAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTaa > 1:3156953/1‑91 (MQ=255) agtagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTa > 1:3279561/1‑91 (MQ=255) tagATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATg < 1:4130209/91‑1 (MQ=255) agATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGa < 1:379776/91‑1 (MQ=255) gATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGAt > 1:2591949/1‑91 (MQ=255) gATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGAt > 1:1210564/1‑91 (MQ=255) cTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCtttt < 1:2017252/91‑1 (MQ=255) tttCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCg > 1:2245814/1‑91 (MQ=255) tttCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCg > 1:1008857/1‑91 (MQ=255) tttCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCg > 1:2451987/1‑91 (MQ=255) ttcattcaAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGt < 1:1626832/91‑1 (MQ=255) ttcattcaAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGt < 1:551070/91‑1 (MQ=255) tcattcaAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGtt > 1:1076208/1‑91 (MQ=255) cattcaAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGttt < 1:3390165/91‑1 (MQ=255) cattcaAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGttt < 1:2330008/91‑1 (MQ=255) attcaAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGtttt > 1:2911839/1‑91 (MQ=255) ttcaAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGttttt > 1:2171720/1‑91 (MQ=255) ttcaAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGttttt > 1:2171159/1‑91 (MQ=255) caAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAg > 1:2489494/1‑91 (MQ=255) caAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAg > 1:2998824/1‑91 (MQ=255) caAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGAGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAg > 1:966201/1‑91 (MQ=255) aaaTAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGt < 1:2507409/91‑1 (MQ=255) aaaTAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGt < 1:1961048/91‑1 (MQ=255) AATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGtctt < 1:1308859‑M1/91‑1 (MQ=255) AATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGtctt < 1:1974677‑M1/91‑1 (MQ=255) AATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGtctt > 1:2620171‑M1/1‑91 (MQ=255) AATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGtctt > 1:4046310‑M1/1‑91 (MQ=255) ATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGtcttc < 1:3830920‑M1/91‑1 (MQ=255) TGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGtcttct < 1:693762‑M1/91‑1 (MQ=255) GACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTa < 1:101096‑M1/91‑1 (MQ=255) GACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTa < 1:1788988‑M1/91‑1 (MQ=255) GACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTa < 1:1613844‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAg > 1:2646554‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCCAGc < 1:3340105‑M1/91‑1 (MQ=255) CCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGACTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCCAGc < 1:3340163‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCt < 1:102269‑M1/91‑1 (MQ=255) TTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTa < 1:4053487‑M1/91‑1 (MQ=255) taatataacgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTaa > 1:1028751‑M2/47‑91 (MQ=255) aatataacgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAAc > 1:3562289‑M2/46‑91 (MQ=255) AATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAAc < 1:4139927‑M1/91‑1 (MQ=255) ATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACa > 1:3125263‑M1/1‑91 (MQ=255) ATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACa > 1:3123855‑M1/1‑91 (MQ=255) taacgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAg > 1:1409323‑M2/42‑91 (MQ=255) taacgacaatttttagtgactcagttatattaaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAg > 1:2846021‑M2/42‑91 (MQ=255) TAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAg > 1:313117‑M1/1‑91 (MQ=255) aacgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGc > 1:2659851‑M2/41‑91 (MQ=255) acgacactttttagtgactcagttatattaaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGcc > 1:1430786‑M2/40‑91 (MQ=255) ACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGcc < 1:1352623‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGcc < 1:2924189‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGcc < 1:2985781‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGcc < 1:1127698‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCg < 1:590325‑M1/91‑1 (MQ=255) 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taaggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCa < 1:240766‑M2/80‑1 (MQ=255) aggtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCACCTTCTTTCAAt > 1:4121313‑M2/10‑91 (MQ=255) gtcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATgg < 1:86693‑M2/84‑1 (MQ=255) tcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGt > 1:969550‑M2/7‑91 (MQ=255) tcatttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGt < 1:2789936‑M2/85‑1 (MQ=255) tttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTcaatggattt < 1:761951‑M2/88‑5 (MQ=255) tttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTaaa < 1:1866499‑M2/88‑1 (MQ=255) tttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTGTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTcaatggattt < 1:1979084‑M2/88‑5 (MQ=255) ttCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCATCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAAt > 1:3502224‑M2/3‑91 (MQ=255) tCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATc < 1:2006569‑M2/90‑1 (MQ=255) tCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATc < 1:1742226‑M2/90‑1 (MQ=255) tCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATc < 1:1742067‑M2/90‑1 (MQ=255) tCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATc > 1:3609873‑M2/2‑91 (MQ=255) cGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATcc < 1:3915922/91‑1 (MQ=255) | CTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGTACGTCTTCTAGCTAACAAAGCCGCACCTGTAATCAGTGCAAATTCTTTCAATGGTAAATCC > USA300TCH1516_ALE/1878566‑1878742 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |