| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1878597 = | 85 (0.860) | 6 (0.080) | 5/124 | NT | 10.2% | intergenic (+56/+61) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1878652 = | 40 (0.520) | intergenic (+111/+6) | USA300HOU_RS09320/ebh_2 | Ferredoxin‑‑NADP reductase/Extracellular matrix‑binding protein ebh | |||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
ATGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATAAAAATGACCTTAATATAACTGAGTCACTAAAAAGTGTCGTTATATTAAGGTCATTTCGTTAATTATGATTCTTTTTCGTTTTTAGT > USA300TCH1516_ALE/1878507‑1878681 | gatttaccattgaaagaatttgcactgattacaggtgcggctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacga < 1:2006569‑M1/1‑1 (MQ=255)gatttaccattgaaagaatttgcactgattacaggtgcggctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacga < 1:1742226‑M1/1‑1 (MQ=255)gatttaccattgaaagaatttgcactgattacaggtgcggctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacga < 1:1742067‑M1/1‑1 (MQ=255)gatttaccattgaaagaatttgcactgattacaggtgcggctttgttagctagaagacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacga > 1:3609873‑M1/91‑91 (MQ=255)atGCCGGACATTACTCACATGCATCAATGGAATAATAGTATAAAATTTGGTTCGATTCTCTTTAGTAGATCAACTTTTTCATTCAAATaaa > 1:3524474/1‑91 (MQ=255) atttaccattgaaagaatttgcactgattacaggtgcggctttgttagctagatgacgtactaaaaacgaaaaagaatcataattaacgaa > 1:3502224‑M1/90‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |