| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021462 | 87 (0.880) | 10 (0.120) | 8/140 | NT | 11.0% | intergenic (+21/+239) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021482 | 85 (0.990) | intergenic (+41/+219) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase | |||||
AAATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2021363‑2021462‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatgcggagaCTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCATTATCT < USA300TCH1516_ALE/2021482‑2021393 AAATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATT > 1:3276459/1‑91 ATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTAT > 1:1140172/1‑91 TATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATG > 1:1253660/1‑91 ATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGC < 1:2015623/91‑1 TGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCG < 1:2916010/91‑1 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GAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCA < 1:2458685/91‑1 GAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCA < 1:416570/91‑1 TATGCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGC > 1:3372249/1‑91 TATGCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCGCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGGTTGTGCATATGACGC < 1:3539307/91‑1 ATGCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCT > 1:462156/1‑91 TGCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTC < 1:2404457/91‑1 TGCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTC < 1:2791204/91‑1 GCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCA < 1:371738/91‑1 GCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCA > 1:800976/1‑91 GCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCA < 1:2684408/91‑1 GCGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCA < 1:144903/91‑1 CGGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCAT > 1:100112/1‑91 GGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCATT > 1:1458828/1‑91 GGAGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCATT > 1:473700/1‑91 AGACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCATTAT > 1:113543/1‑91 GACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCATTATC < 1:3492967/91‑1 GACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCATTATC < 1:2563739/91‑1 GACTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCATTATC < 1:2563254/91‑1 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ACTACTTAACGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCATTATCT > 1:259918/1‑91 AAATATGTACTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2021363‑2021462‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatgcggagaCTACTTATCGATAAAGTGCTTCTCCGCATAATTAAGAGTTTTTAAAATTGTATAATTTGTGGTTGTTTGTGCATATGACGCTCATTATCT < USA300TCH1516_ALE/2021482‑2021393 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |