| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021462 | 87 (0.880) | 10 (0.120) | 8/140 | NT | 11.0% | intergenic (+21/+239) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021482 | 85 (0.990) | intergenic (+41/+219) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase | |||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAAT > USA300TCH1516_ALE/2021372‑2021552 | aTCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAg < 1:1843636/91‑1 (MQ=255) aTCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAg < 1:626873/91‑1 (MQ=255) aaTATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACtt > 1:2089107/1‑91 (MQ=255) atatGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACttt > 1:2829436/1‑91 (MQ=255) tatGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTa > 1:1584769/1‑91 (MQ=255) ggATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCg > 1:3799184/1‑91 (MQ=255) aTTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGAt > 1:3279301/1‑91 (MQ=255) ttttAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATa > 1:2646834/1‑91 (MQ=255) ttATAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagt < 1:3736519‑M1/91‑18 (MQ=255) tAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtg < 1:2751943‑M1/91‑19 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 1:416907‑M2/91‑2 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 1:3911309‑M2/91‑2 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 1:3913803‑M2/91‑2 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 1:1090‑M2/91‑2 (MQ=255) 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aaTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctcc > 1:1458828‑M2/1‑86 (MQ=255) aaTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctcc > 1:473700‑M2/1‑86 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccg < 1:3193122‑M1/91‑27 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccg > 1:100112‑M2/1‑85 (MQ=255) tGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgc > 1:800976‑M2/1‑84 (MQ=255) gAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGActacttatcgataaagtgcttctccgca < 1:2458685‑M1/91‑29 (MQ=255) aGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcat > 1:462156‑M2/1‑82 (MQ=255) gCGTCATATGCACAACCAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGCGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcata < 1:3539307‑M2/91‑11 (MQ=255) gCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgcata > 1:3372249‑M2/1‑81 (MQ=255) cGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCatat > 1:3356165/1‑91 (MQ=255) cGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCatat > 1:3356443/1‑91 (MQ=255) cGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCatat > 1:3357170/1‑91 (MQ=255) gTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtt < 1:221590/91‑1 (MQ=255) tCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAttt > 1:760920/1‑91 (MQ=255) cATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtttt > 1:1137251/1‑91 (MQ=255) cATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtttt > 1:2989835/1‑91 (MQ=255) tGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATg > 1:4064316/1‑91 (MQ=255) tGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATg > 1:1085423/1‑91 (MQ=255) tGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATg > 1:1085378/1‑91 (MQ=255) aacaacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtatta < 1:2297714/91‑1 (MQ=255) aacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataa < 1:715481/91‑1 (MQ=255) aacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataa < 1:2746843/91‑1 (MQ=255) ccACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaa > 1:174762/1‑91 (MQ=255) acaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCTCATATTTTAATGCTATTataaaata > 1:3858126/1‑91 (MQ=255) caAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaataa < 1:3078532/91‑1 (MQ=255) aaTTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAtaaaataaaa < 1:663518/91‑1 (MQ=255) aaTTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAtaaaataaaa > 1:1313594/1‑91 (MQ=255) aTTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATaaaaa < 1:3941337/91‑1 (MQ=255) tataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAAc > 1:3295142/1‑91 (MQ=255) tataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAAc > 1:3294861/1‑91 (MQ=255) ataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACa < 1:1977233/91‑1 (MQ=255) ataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACa < 1:1976867/91‑1 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaat > 1:2371802/1‑91 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaat > 1:3373813/1‑91 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaat < 1:4153957/91‑1 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatt < 1:3844578/91‑1 (MQ=255) aTTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaattaa < 1:1164266/91‑1 (MQ=255) ttAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTg < 1:2187393/91‑1 (MQ=255) aaaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTgg < 1:4027013/91‑1 (MQ=255) aaaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTgg < 1:3990453/91‑1 (MQ=255) 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gactacttatcgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatc < 1:3492967‑M1/91‑90 (MQ=255) gaAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAaataa > 1:416122/1‑91 (MQ=255) actacttatcgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatct < 1:3911309‑M1/91‑91 (MQ=255) actacttatcgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatct > 1:2978279‑M1/1‑1 (MQ=255) actacttaacgataaagtgcttctccgcataattaagagtttttaaaattgtataatttgtggttgtttgtgcatatgacgctcattatct > 1:259918‑M1/1‑1 (MQ=255) aaGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAaataat < 1:294988/91‑1 (MQ=255) | CTATCCGAATATGGATTTTAAAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAAT > USA300TCH1516_ALE/2021372‑2021552 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |