| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021462 | 87 (0.880) | 10 (0.120) | 8/140 | NT | 11.0% | intergenic (+21/+239) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021482 | 85 (0.990) | intergenic (+41/+219) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase | |||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
AAGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTACTCTACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACT > USA300TCH1516_ALE/2021392‑2021572 | aaGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAagtag > 1:2226285/1‑91 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 1:3913803‑M2/91‑2 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 1:3911309‑M2/91‑2 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt < 1:1090‑M2/91‑2 (MQ=255) aGATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGt > 1:2978209‑M2/1‑90 (MQ=255) gATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtc < 1:1452422‑M2/91‑3 (MQ=255) gATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtc < 1:1452407‑M2/91‑3 (MQ=255) gATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtc < 1:2563254‑M2/91‑3 (MQ=255) gATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtc < 1:2563739‑M2/91‑3 (MQ=255) gATAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtc < 1:3492967‑M2/91‑3 (MQ=255) aTAATGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtct > 1:113543‑M2/1‑88 (MQ=255) aTGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccg > 1:100112‑M2/1‑85 (MQ=255) tGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgc < 1:2684408‑M2/91‑8 (MQ=255) tGAGCGTCATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGtctccgc < 1:371738‑M2/91‑8 (MQ=255) 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cATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtttt > 1:2989835/1‑91 (MQ=255) cATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtttt > 1:1885944/1‑91 (MQ=255) cATATGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATAtttt > 1:3651270/1‑91 (MQ=255) tGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATg > 1:4064316/1‑91 (MQ=255) tGCACAAACAACCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATg > 1:1085423/1‑91 (MQ=255) acaacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTGATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCtattat < 1:1028916/91‑1 (MQ=255) caacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATtata > 1:463020/1‑91 (MQ=255) aacCACAAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataa < 1:715481/91‑1 (MQ=255) acaAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCTCATATTTTAATGCTATTataaaata > 1:3858126/1‑91 (MQ=255) caAATTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTataaaataa < 1:3078532/91‑1 (MQ=255) aaTTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAtaaaataaaa > 1:1313594/1‑91 (MQ=255) aaTTATACAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTAtaaaataaaa < 1:663518/91‑1 (MQ=255) tataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAAc > 1:3295336/1‑91 (MQ=255) tataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAAc > 1:3295142/1‑91 (MQ=255) tataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAAc > 1:3294861/1‑91 (MQ=255) ataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACa < 1:1977233/91‑1 (MQ=255) ataCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACa < 1:173728/91‑1 (MQ=255) taCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaa > 1:4007579/1‑91 (MQ=255) taCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaa < 1:3849514/91‑1 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaat < 1:4153957/91‑1 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaat > 1:3373813/1‑91 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaat < 1:4152154/91‑1 (MQ=255) aCAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaat > 1:2371802/1‑91 (MQ=255) cAATTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatt < 1:3035052/91‑1 (MQ=255) aaTTTTAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaatta > 1:1139060/1‑91 (MQ=255) ttttAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACaattaat < 1:1251987/91‑1 (MQ=255) ttAAAAACTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTg < 1:2187393/91‑1 (MQ=255) aaaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTgg < 1:309/91‑1 (MQ=255) aaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGc < 1:1129224/91‑1 (MQ=255) aaCTCTTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGc > 1:411616/1‑91 (MQ=255) ctctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAg > 1:848318/1‑91 (MQ=255) tctTGATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGt < 1:3459536/91‑1 (MQ=255) tctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGt < 1:2796107/91‑1 (MQ=255) tctTAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGt < 1:2092792/91‑1 (MQ=255) ttAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAc > 1:2464647/1‑91 (MQ=255) ttAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAc < 1:3661396/91‑1 (MQ=255) tAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAct < 1:3930741/91‑1 (MQ=255) tAATTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAct < 1:1588325/91‑1 (MQ=255) tAATTATACGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTAct < 1:2078665/91‑1 (MQ=255) aaTTATGCGGAGAAGCACTTTATCGATAAGTAGTCTCCGCATATTTTAATGCTATTATAAAATAAAAAACAATTAATTGCTGGCAGTActc < 1:1946970/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |