| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021642 | 74 (0.750) | 4 (0.050) | 4/134 | NT | 5.4% | intergenic (+201/+59) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2021681 | 79 (0.960) | intergenic (+240/+20) | queE_2/USA300HOU_RS10190 | 7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase/putative acyl‑CoA thioester hydrolase | |||||
TACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAATAAAAGGGGTAAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGACAGATTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2021541‑2021642‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagacagattgtTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAAAATTTACC < USA300TCH1516_ALE/2021681‑2021592 TACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAATAAAAGGGGTAAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAA > 1:373412/1‑91TACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAATAAAAGGGGTAAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAA > 1:2618164/1‑91 CTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAATAAAAGGGGTAAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAG > 1:390044/1‑91 TAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAATAAAAGGGGTAAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGAC < 1:4032781/91‑1 TAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAATAAAAGGGGTAAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGAC < 1:4032584/91‑1 AAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAATAAAAGGGGTAAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGACA < 1:2801869/91‑1 AATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAATAAAAGGGGTAAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGACAG > 1:230361/1‑91 TAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAATAAAAGGGGTAAATTTTTACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGACAGAT < 1:3489913/91‑1 AATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAATAAAAGGGGTAAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGACAGATT > 1:3796608/1‑91 ATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAATAAAAGGGGTAAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGACAGATTG < 1:796708/91‑1 TAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAACAAAAGGGGTAAATTTTAACTAAAAGTATAAACGTGCATAATCAAAAAGACAGATTGT < 1:3683183/91‑1 GGTAAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTA < 1:1321237/91‑1 AAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAA < 1:1033881/91‑1 ATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATC < 1:2914350/91‑1 TTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCT < 1:3207261/91‑1 AAGACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGT < 1:4150347/91‑1 AAGACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGT > 1:2667176/1‑91 AGACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTT > 1:2444421/1‑91 AGACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTT < 1:3113168/91‑1 AGACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTT < 1:3113159/91‑1 GACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCTACCTACAACCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTA > 1:1503798/1‑91 ACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAA < 1:1000665/91‑1 ACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAA > 1:1864253/1‑91 ACAGATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAA > 1:3076078/1‑91 ATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAAAATT > 1:2018506/1‑91 ATTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAAAATT < 1:282195/91‑1 TTGTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAAAATTT > 1:2669376/1‑91 GTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAAAATTTAC < 1:2812913/91‑1 GTTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAAAATTTAC > 1:2808520/1‑91 TTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAAAATTTACC > 1:3064467/1‑91 TTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAAAATTTACC > 1:3064370/1‑91 TTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAAAATTTACC > 1:2607316/1‑91 TTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAAAATTTACC > 1:289510/1‑91 TTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAAAATTTACC > 1:1533281/1‑91 TACTTAAATAATAAAGGGCATTTAATAGGACTAATAGTCTATAATAAAAGGGGTAAATTTTAACTAAAAGCATAAACGTGCATAATCAAAAAGACAGATTGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2021541‑2021642‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaagacagattgtTAAGGATGAATTGAACTGTTATGTTCGAATATTCCACCTACAATCTGTCTTTTTGATTATGCACGTTTATGCTTTTAGTTAAAATTTACC < USA300TCH1516_ALE/2021681‑2021592 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |