| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2082639 = | 116 (1.180) | 10 (0.110) | 9/148 | NT | 8.7% | intergenic (+280/+44) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2082667 = | 102 (1.120) | intergenic (+308/+16) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein | |||||
GTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2082733‑2082639‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgccttATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTT > USA300TCH1516_ALE/2082667‑2082756 GTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTG < 1:1681364/91‑1 TATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGC < 1:4069567/91‑1 TATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGC < 1:4069699/91‑1 ATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCC > 1:3038570/1‑91 TTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT < 1:3911947/91‑1 TTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCT < 1:3912163/91‑1 TTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTT < 1:2674183/91‑1 AGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTA < 1:1871386/91‑1 AGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTA < 1:497558/91‑1 AACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAA < 1:447637/91‑1 AACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAA < 1:447545/91‑1 ATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAA < 1:3798903/91‑1 GGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAAT > 1:3374123/1‑91 GCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATA > 1:2962774/1‑91 GCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATA > 1:2962597/1‑91 TCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTT > 1:1928815/1‑91 CAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCA > 1:552936/1‑91 CAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCA > 1:1307640/1‑91 AATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATCCTCTTCCAT > 1:3726668/1‑91 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 1:459856/91‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 1:1415500/91‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 1:3260776/91‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 1:2027741/91‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 1:19380/91‑1 TGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATATACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTC < 1:1664596/91‑1 gccgTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCGTCTTTATACTCA < 1:3208286/87‑1 GCCGTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCGTCTTTATACTCA < 1:3205220/91‑1 CTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGT > 1:3074088/1‑91 TTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTT > 1:2786403/1‑91 TATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTT < 1:2574129/91‑1 GTATTTAAAGCAACTGACATTAAAAAGGTAGATATTGAACTTAAATTCTAATCTTTAATTTTATAATAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2082733‑2082639‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgccttATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAAATACTCTTTCATCTTTATACTCAGTTT > USA300TCH1516_ALE/2082667‑2082756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |