| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2082639 = | 116 (1.180) | 10 (0.110) | 9/148 | NT | 8.7% | intergenic (+280/+44) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2082667 = | 102 (1.120) | intergenic (+308/+16) | aspC/USA300HOU_RS10520 | Aspartate aminotransferase/65 kDa membrane protein | |||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
TTCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAA > USA300TCH1516_ALE/2082549‑2082729 | ttCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTaaa > 1:1363651/1‑91 (MQ=255)aaactgagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataata < 1:2574129‑M1/1‑1 (MQ=255) tCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTaaaa > 1:1214333/1‑91 (MQ=255) aactgagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataataa > 1:2786403‑M1/90‑91 (MQ=255) cTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAg > 1:1024730/1‑91 (MQ=255) actgagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAg > 1:3074088‑M1/89‑91 (MQ=255) tATCAGTTCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAATTGTAAAAgg < 1:2078476/91‑1 (MQ=255) tgagtataaagacgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatACGGc < 1:3205220‑M1/5‑1 (MQ=255) tCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCa > 1:1969596/1‑91 (MQ=255) tCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCa > 1:3909296/1‑91 (MQ=255) gagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtatatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCa < 1:1664596‑M1/6‑1 (MQ=255) gagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCa < 1:3260776‑M1/6‑1 (MQ=255) gagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCa < 1:2027741‑M1/6‑1 (MQ=255) gagtataaagatgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCa < 1:459856‑M1/6‑1 (MQ=255) cAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCAc > 1:67604/1‑91 (MQ=255) tccgatttATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCATACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCAcccc < 1:3592054‑M2/83‑1 (MQ=255) tccgatttATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCAcccc < 1:1531373‑M2/83‑1 (MQ=255) gatttATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACg < 1:3216214‑M2/86‑1 (MQ=255) atttATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGa > 1:2531380‑M2/5‑91 (MQ=255) tttATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGAt > 1:316610‑M2/4‑91 (MQ=255) tttATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGAt < 1:3658968‑M2/88‑1 (MQ=255) ttATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGAtt < 1:107789‑M2/89‑1 (MQ=255) ttATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGAtt < 1:2647617‑M2/89‑1 (MQ=255) tgaaagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCACCCCACGATtg > 1:552936‑M1/75‑91 (MQ=255) attatAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATtgt < 1:3035426/91‑1 (MQ=255) attatAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATtgt > 1:1928314/1‑91 (MQ=255) attatAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATtgt < 1:370772/91‑1 (MQ=255) ttatAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATtgtg > 1:633363/1‑91 (MQ=255) aagagtatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCACCCCACGATTGTga > 1:1928815‑M1/72‑91 (MQ=255) ataGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTgag < 1:2431307/91‑1 (MQ=255) ataGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTgag > 1:2406115/1‑91 (MQ=255) taGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTgaga < 1:829083/91‑1 (MQ=255) taGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTgaga < 1:3901335/91‑1 (MQ=255) taGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTgaga < 1:1483183/91‑1 (MQ=255) aGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGAt < 1:127090/91‑1 (MQ=255) aGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGAt < 1:1479640/91‑1 (MQ=255) gAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACGTGCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATg < 1:3332562/91‑1 (MQ=255) tatttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGc > 1:2962597‑M1/67‑91 (MQ=255) atttaaagcaactgacattaaaaaggtagatattgaacttaaattctaatctttaattttataatAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGcc > 1:3374123‑M1/66‑91 (MQ=255) aTTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCttat > 1:1119899/1‑91 (MQ=255) aTTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCttat > 1:3540271/1‑91 (MQ=255) tttATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCttatt > 1:2804697/1‑91 (MQ=255) ttATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCttatta > 1:3657089/1‑91 (MQ=255) tatataACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTtattat < 1:2207935/91‑1 (MQ=255) tatataACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTtattat < 1:1245632/91‑1 (MQ=255) atataACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATtata > 1:3605560/1‑91 (MQ=255) tataACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATaa < 1:3999372/91‑1 (MQ=255) aaCTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAAt > 1:449515/1‑91 (MQ=255) aaCTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAAt > 1:1274724/1‑91 (MQ=255) aCTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAAtt > 1:2208669/1‑91 (MQ=255) aCTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAAtt > 1:2207147/1‑91 (MQ=255) cTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTa > 1:805450/1‑91 (MQ=255) ttGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAg < 1:135607/91‑1 (MQ=255) ttGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAg > 1:2339040/1‑91 (MQ=255) ggCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGAt > 1:1895593/1‑91 (MQ=255) ggCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGAt > 1:1895572/1‑91 (MQ=255) gCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGAtt < 1:1044123/91‑1 (MQ=255) aaTCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGa < 1:3029687/91‑1 (MQ=255) aaTCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGa > 1:3426557/1‑91 (MQ=255) cACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAAtt < 1:1160133/91‑1 (MQ=255) tCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAg > 1:1828238/1‑91 (MQ=255) cAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGt > 1:888862/1‑91 (MQ=255) cAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGt < 1:1270236/91‑1 (MQ=255) aaaCATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGtt > 1:2867573/1‑91 (MQ=255) aTTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAat > 1:3107561/1‑91 (MQ=255) aTTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAat > 1:3698079/1‑91 (MQ=255) tCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAatat < 1:3008486/91‑1 (MQ=255) tCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAatat > 1:1403066/1‑91 (MQ=255) tCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAatat > 1:1440938/1‑91 (MQ=255) cAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATc > 1:1256495/1‑91 (MQ=255) aaGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCt > 1:2186559/1‑91 (MQ=255) aGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTa > 1:2951019/1‑91 (MQ=255) gCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTAc < 1:2481/91‑1 (MQ=255) gCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTAc > 1:529649/1‑91 (MQ=255) cacaTCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGTCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCttt < 1:4148118/91‑1 (MQ=255) acaTCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCtttt > 1:2506904/1‑91 (MQ=255) caTCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCttttt < 1:659002/91‑1 (MQ=255) aTCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCttatta > 1:3266471/1‑91 (MQ=255) aTCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTa < 1:2928798/91‑1 (MQ=255) aTCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTa > 1:799220/1‑91 (MQ=255) aTCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTa > 1:408125/1‑91 (MQ=255) tttaattttataatAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAAt < 1:3798903‑M1/77‑1 (MQ=255) ctctACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAAt > 1:3770072/1‑91 (MQ=255) ctACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGt < 1:1897324/91‑1 (MQ=255) aCAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCa > 1:1671545/1‑91 (MQ=255) cAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAg < 1:3457601/91‑1 (MQ=255) cAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAg > 1:272974/1‑91 (MQ=255) ttataatAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGtt < 1:447545‑M1/84‑1 (MQ=255) aaTGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGtt > 1:2044846/1‑91 (MQ=255) aaTGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGtt > 1:2794335/1‑91 (MQ=255) aaTGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGtt > 1:710755/1‑91 (MQ=255) aTGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTg < 1:3932917/91‑1 (MQ=255) tGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGc > 1:1341913/1‑91 (MQ=255) taatAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCt < 1:497558‑M1/87‑1 (MQ=255) taatAAGGCATCTCACAATCGTGGGGTGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCt < 1:1871386‑M1/87‑1 (MQ=255) gTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCt < 1:3420988/91‑1 (MQ=255) aaaaGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCttt > 1:675337/1‑91 (MQ=255) aaaaGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCttt < 1:2631662/91‑1 (MQ=255) aaaaGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCttt > 1:2598562/1‑91 (MQ=255) aaaGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTa < 1:1118834/91‑1 (MQ=255) | TTCTATCAGTCCGATTTATTATAGAACCAATTTATATAACTTTTGGCAAATCACTTCAAACATTCAAGCATCACATCTCTACAAATGTAAAAGGCACCCCACGATTGTGAGATGCCTTATTATAAAATTAAAGATTAGAATTTAAGTTCAATATCTACCTTTTTAATGTCAGTTGCTTTAA > USA300TCH1516_ALE/2082549‑2082729 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |