| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2088038 | 81 (0.820) | 16 (0.210) | 9/126 | NT | 17.7% | intergenic (+55/+40) | chp/USA300HOU_RS10560 | Chemotaxis inhibitory protein/Glycyl‑glycine endopeptidase ALE‑1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2088052 | 85 (1.100) | intergenic (+69/+26) | chp/USA300HOU_RS10560 | Chemotaxis inhibitory protein/Glycyl‑glycine endopeptidase ALE‑1 | |||||
ATCTTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2087935‑2088038‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatataaaggtttggcaAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCATATTCATTAG < USA300TCH1516_ALE/2088052‑2087964 ATCTTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATA < 1:1727092/91‑1 CTTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATA < 1:4005612/91‑1 CTTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATA < 1:4005524/91‑1 CTTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATA < 1:1475522/91‑1 TTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAA > 1:1905009/1‑91 TATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAA < 1:1948080/91‑1 TATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAA > 1:2498134/1‑91 ATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAG < 1:1599577/91‑1 ATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAG < 1:2835113/91‑1 ATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAG < 1:1960141/91‑1 ATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAG < 1:2835106/91‑1 ATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAG < 1:3102402/91‑1 TGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGG > 1:787773/1‑91 TGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGG > 1:2089843/1‑91 TGTAAGTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGG < 1:2548578/91‑1 TAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTT < 1:2486555/91‑1 AATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTT > 1:3964742/1‑91 AATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTT < 1:3410967/91‑1 TAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGC < 1:604511/91‑1 TAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGC > 1:2890668/1‑91 TAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGC > 1:1536305/1‑91 TAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGC < 1:82625/91‑1 AAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATG < 1:808023/91‑1 AACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTC < 1:719403/91‑1 AACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTC < 1:956177/91‑1 CTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTG < 1:378137/91‑1 TAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGC < 1:4092316/91‑1 TAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGC < 1:1045246/91‑1 TAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGC < 1:1044919/91‑1 AATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAGTTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCC < 1:3529244/91‑1 AATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCC < 1:961582/91‑1 AATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCC < 1:2495385/91‑1 ATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCA < 1:2725513/91‑1 ATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCA < 1:1834091/91‑1 ATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCA < 1:670006/91‑1 TGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCAA < 1:1228173/91‑1 GCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTA < 1:480383/91‑1 CATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCT < 1:2393242/91‑1 ATATAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTA < 1:2624981/91‑1 TAAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGC > 1:4022871/1‑91 AAAGGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCA < 1:317806/91‑1 GGTTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCATAT > 1:2669287/1‑91 TTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCATATTC > 1:474222/1‑91 TTTGGCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATACATATTC > 1:2075718/1‑91 GGCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCATATTCATT < 1:522985/91‑1 GCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCATATTCATTA > 1:4088848/1‑91 GCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCATATTCATTA > 1:3339203/1‑91 GCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCATATTCATTA > 1:61282/1‑91 GCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCATATTCATTA > 1:1065125/1‑91 GCAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCATATTCATTA > 1:2789653/1‑91 CAAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCATATTCATTAG > 1:819002/1‑91 ATCTTATGTAATTAATGGTCCTGGAAAAACTAATGAATATGCATACTAATAGTAGTTACATAAATTAAAAGGTAGATATTTCTTTTTTATATAAAGGTTTGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2087935‑2088038‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatataaaggtttggcaAGTTATGAAATGTCTGCCAAACCTTTATATAAAAAAGAAATATCTACCTTTTAATTTATGTAACTACTATTAGTATGCATATTCATTAG < USA300TCH1516_ALE/2088052‑2087964 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |