| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2090954 | 100 (1.020) | 8 (0.090) | 6/142 | NT | 7.9% | intergenic (‑188/+350) | USA300HOU_RS10575/USA300HOU_RS10590 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2090971 | 99 (1.130) | intergenic (‑205/+333) | USA300HOU_RS10575/USA300HOU_RS10590 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
AAAAGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2090856‑2090954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaccatcgCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGGGT < USA300TCH1516_ALE/2090971‑2090882 AAAAGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTT > 1:1795849/1‑91 AAGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAA < 1:2454318/91‑1 AGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAAC > 1:1247935/1‑91 AGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAAC > 1:1523466/1‑91 GCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCAT < 1:199509/91‑1 CAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATC > 1:321720/1‑91 AACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCG > 1:2776012/1‑91 AACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCG > 1:2776024/1‑91 AACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCG < 1:1917021/91‑1 AACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCG > 1:324711/1‑91 TGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGG < 1:3041705/91‑1 ACCCTAATGAGCTCGTTAAAAAGACGGTGGCTCTTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTTACTTTGGCTGGTTTC < 1:3539094/91‑1 CCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCG < 1:223641/91‑1 CCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGA < 1:137032/91‑1 CTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGAT < 1:3130778/91‑1 CTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGAT < 1:2550295/91‑1 TAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATG < 1:837358/91‑1 TAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATG < 1:991771/91‑1 TAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTC > 1:2858686/1‑91 TAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTC < 1:2453028/91‑1 TAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTC > 1:1699564/1‑91 TAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTC > 1:4017689/1‑91 TAACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTC > 1:1323970/1‑91 AACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCA < 1:2464638/91‑1 ACCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCAT > 1:1590565/1‑91 CCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATT > 1:2653007/1‑91 CCATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATT < 1:2822591/91‑1 ATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAG > 1:1598466/1‑91 ATCGCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAG > 1:1597756/1‑91 GCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGGGT < 1:277995/91‑1 AAAAGGGCAACATGCGCAAACATGTTACCCTAATGAGCCCGTTAAAAAGACGGTGGCTATTTTAGATTAAAGATTAAATTAATAACCATTTAACCATCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2090856‑2090954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaccatcgCTAACTTTGGCTGGTTTCGATGGTTAAATGGTTATTAATTTAATCTTTAATCTAAAATAGCCACCGTCTTTTTAACGGGCTCATTAGGGT < USA300TCH1516_ALE/2090971‑2090882 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |