| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2150647 = | 105 (1.070) | 14 (0.170) | 8/136 | NT | 13.6% | intergenic (+310/+57) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2150691 = | 89 (1.060) | intergenic (+354/+13) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase | |||||
TAATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2150746‑2150647‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctacactgttttATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAA > USA300TCH1516_ALE/2150691‑2150780 TAATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTA < 1:1437592/91‑1 GTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTG < 1:2900490/91‑1 GTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTG < 1:2900476/91‑1 TTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGT < 1:3665459/91‑1 TTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGT < 1:2930824/91‑1 TTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGT < 1:2478932/91‑1 TTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGT < 1:2434402/91‑1 TTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGT > 1:2094608/1‑91 TTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGT < 1:2433836/91‑1 TTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTT > 1:1183128/1‑91 TTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTT > 1:3722994/1‑91 TGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTT > 1:211324/1‑91 TGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTT > 1:210986/1‑91 TTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTTTAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATG > 1:2647965/1‑91 TTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATG > 1:485892/1‑91 TTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTTTAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGT > 1:3228892/1‑91 AAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGC > 1:4044912/1‑91 CAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTTTAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAAC > 1:1266867/1‑91 CAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTTTAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAAC > 1:479212/1‑91 CAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTTTAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAAC > 1:479280/1‑91 CAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTTTAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAAC > 1:479307/1‑91 CAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAAC > 1:121010/1‑91 CAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAAC > 1:120077/1‑91 TGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTAT > 1:1070002/1‑91 GTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATT > 1:36557/1‑91 GGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAAT > 1:913474/1‑91 CAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCAC > 1:3900382/1‑91 CTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCAC < 1:3388308/91‑1 TACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACT > 1:1958142/1‑91 TACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACT > 1:1958319/1‑91 ACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTA > 1:2354195/1‑91 ACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTA < 1:643093/91‑1 ACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTA > 1:4022022/1‑91 ACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTA > 1:2963973/1‑91 ACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTA > 1:2354209/1‑91 CTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTG > 1:3873258/1‑91 CTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTG > 1:3119634/1‑91 CTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTG < 1:2066242/91‑1 GTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCA < 1:80686/91‑1 TTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGC > 1:2907071/1‑91 TTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGC > 1:2906925/1‑91 TTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGC < 1:2534864/91‑1 TTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCA > 1:2425761/1‑91 TATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAA > 1:280764/1‑91 TAATAGTTTGCCAACATTACAAGAGGTTGAACAAGCATTTTAAATAATTCATTTATAAAACAGTGTAGGAAACAAGTTGAATCTTGTGCTACACTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2150746‑2150647‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctacactgttttATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGGCAAACTATTAATAGCACCATACTTCGTTGTCACTATTGCAGCAA > USA300TCH1516_ALE/2150691‑2150780 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |