| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2150647 = | 105 (1.070) | 14 (0.170) | 8/136 | NT | 13.6% | intergenic (+310/+57) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2150691 = | 89 (1.060) | intergenic (+354/+13) | agrA/scrK | Accessory gene regulator A/Fructokinase | |||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
TTTTTAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGG > USA300TCH1516_ALE/2150557‑2150736 | ttgctgcaatagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttata > 1:280764‑M1/91‑91 (MQ=255) tgctgcaatagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttataa > 1:2425761‑M1/90‑91 (MQ=255) tttAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTaaaaa < 1:1285190/91‑1 (MQ=255) tttAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTaaaaa > 1:1756117/1‑91 (MQ=255) tttAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTaaaaa < 1:2190466/91‑1 (MQ=255) gctgcaatagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttataaa < 1:2534864‑M1/3‑1 (MQ=255) gctgcaatagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttataaa > 1:2907071‑M1/89‑91 (MQ=255) gctgcaatagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttataaa > 1:2906925‑M1/89‑91 (MQ=255) ttAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTaaaaaa > 1:466386/1‑91 (MQ=255) ttAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTaaaaaa < 1:140082/91‑1 (MQ=255) ttAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTaaaaaa < 1:187049/91‑1 (MQ=255) ttAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTaaaaaa < 1:4073940/91‑1 (MQ=255) aaCAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACa < 1:788815/91‑1 (MQ=255) aaCAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACa > 1:506054/1‑91 (MQ=255) caatagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAg < 1:2066242‑M1/7‑1 (MQ=255) caatagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAg > 1:3119634‑M1/85‑91 (MQ=255) cAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAgt > 1:4102779/1‑91 (MQ=255) aaaaTATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAgtg > 1:2259223/1‑91 (MQ=255) tagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAgtgt > 1:2354195‑M1/82‑91 (MQ=255) tagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAgtgt > 1:4022022‑M1/82‑91 (MQ=255) tagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAgtgt > 1:2354209‑M1/82‑91 (MQ=255) tagtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAgtgt > 1:2963973‑M1/82‑91 (MQ=255) agtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAGTGTa > 1:1958142‑M1/81‑91 (MQ=255) gtgacaacgaagtatggtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAGTGTAg < 1:3388308‑M1/12‑1 (MQ=255) atatACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAg < 1:3919548/91‑1 (MQ=255) atatACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAg < 1:3919492/91‑1 (MQ=255) ataCTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGca > 1:1556015/1‑91 (MQ=255) cTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACaa < 1:94277/91‑1 (MQ=255) tAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAg < 1:2674161/91‑1 (MQ=255) aTTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGAtt < 1:3406100/91‑1 (MQ=255) gAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGGACAAGATTCAAc < 1:3187042/91‑1 (MQ=255) gtgctattaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTg > 1:3900382‑M1/64‑91 (MQ=255) aTTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTg > 1:78375/1‑91 (MQ=255) tGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGtt > 1:3820302/1‑91 (MQ=255) tGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGtt < 1:1006861/91‑1 (MQ=255) cAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTcc < 1:2456161/91‑1 (MQ=255) attaatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTcc > 1:913474‑M1/59‑91 (MQ=255) aGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCt < 1:684586/91‑1 (MQ=255) aGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCt < 1:721866/91‑1 (MQ=255) tttCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTac < 1:1988352/91‑1 (MQ=255) tttCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTac < 1:1539985/91‑1 (MQ=255) aatagtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTac > 1:36557‑M1/56‑91 (MQ=255) ttCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTCTCCTaca > 1:3662275/1‑91 (MQ=255) atctaaataaaATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACt < 1:1690805/88‑1 (MQ=255) gtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTg > 1:120077‑M1/52‑91 (MQ=255) gtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTg > 1:121010‑M1/52‑91 (MQ=255) gtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttaaAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTg > 1:479212‑M1/52‑91 (MQ=255) gtttgccaacattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttaaAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTg > 1:479307‑M1/52‑91 (MQ=255) ataaataaAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGt < 1:195941/91‑1 (MQ=255) aaataaaATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGttt > 1:593687/1‑91 (MQ=255) aaataaaATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGttt < 1:2269885/91‑1 (MQ=255) ataaaATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTta < 1:2718692/91‑1 (MQ=255) aaaTGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATaa < 1:3815894/91‑1 (MQ=255) cattacaagaggttgaacaagcattttaaataattcatttatAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATaaa > 1:485892‑M1/43‑91 (MQ=255) 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gTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTaa > 1:2837018/1‑91 (MQ=255) gTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTaa > 1:2658984/1‑91 (MQ=255) tttAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATg < 1:2567649/91‑1 (MQ=255) ttAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGt < 1:1950927/91‑1 (MQ=255) aaaaaaCAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTg > 1:2976196/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTgg < 1:2477759/91‑1 (MQ=255) | TTTTTAACAAAATATACTAAATTTGAAATTGACAGTTTCCATAAATAAAATGCTATAATTTCCTACTCCGTGAATCTTATTTTGTTTTAAAAAACAGTGTAGCACAAGATTCAACTTGTTTCCTACACTGTTTTATAAATGAATTATTTAAAATGCTTGTTCAACCTCTTGTAATGTTGG > USA300TCH1516_ALE/2150557‑2150736 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |