| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2218228 | 63 (0.640) | 14 (0.180) | 9/124 | NT | 19.5% | intergenic (+21/+38) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2218242 | 67 (0.880) | intergenic (+35/+24) | USA300HOU_RS11330/fabZ | hypothetical protein/3‑hydroxyacyl‑[acyl‑carrier‑protein] dehydratase FabZ | |||||
GGATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2218121‑2218228‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaacattcaaagattTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTTTTTATTTTACTCTTCTAATTTTTCATCCTTTAACTTTGGTTTAGACTGCATCATTCGAT < USA300TCH1516_ALE/2218242‑2218155 GGATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATA > 1:943064/1‑91GGAGTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAGA‑‑ATA < 1:3267156/91‑1 GATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAA < 1:3018595/91‑1 ATTATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAA < 1:2117653/91‑1 TATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAA < 1:3695231/91‑1 ATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAA > 1:425652/1‑91 ATCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAA > 1:70295/1‑91 TCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAAC > 1:209467/1‑91 TCTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAAC > 1:1735264/1‑91 CTGGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACA > 1:1810075/1‑91 GGTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATT > 1:2973648/1‑91 GTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTC > 1:724613/1‑91 GTGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTC > 1:724643/1‑91 TGAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCA < 1:5287/91‑1 GAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAA < 1:1729087/91‑1 GAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAA < 1:1439471/91‑1 GAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAA < 1:2664816/91‑1 GAAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAA < 1:3368164/91‑1 AAGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAA > 1:1759786/1‑91 AGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAG < 1:947945/91‑1 AGAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAG < 1:4018004/91‑1 GAATTAAAAAAATCATTTAATCGAATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGA < 1:3892912/91‑1 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ATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTG < 1:403573/91‑1 ATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTG < 1:1160347/91‑1 ATGATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTG < 1:1279755/91‑1 GATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAA < 1:1790052/91‑1 GATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAA < 1:1451782/91‑1 ATGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAAT < 1:965066/91‑1 TGCAGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATG < 1:431852/91‑1 AGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTT < 1:773362/91‑1 AGTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTT < 1:3930425/91‑1 GTCTAAACCAAAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTTT < 1:2143572/91‑1 AAGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAA‑‑ATAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTTTTTATTTTACT < 1:168995/91‑1 AGTTAAAGGATGAAAAATTAGAAGAGTAAAACAAAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTTTTTATTTTAC < 1:3935111/91‑1 acagAAAAAACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTTTTTATTTTACTCTTCTAATTTTTCATCCTTTAACTTTGGT < 1:3349749/87‑1 AACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCGTAATCTTTGAATGTTTTTTATTTTACTCTTCTAATTTTTCATCCTTTAACTTTGGTTTAGACTG > 1:1096513/1‑91 AACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTTTTTATTTTACTCTTCTAATTTTTCATCCTTTAACTTTGGTTTAGACTG > 1:632936/1‑91 AACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTTTTTATTTTACTCTTCTAATTTTTCATCCTTTAACTTTGGTTTAGACTG < 1:4149654/91‑1 ACATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTTTTTATTTTACTCTTCTAATTTTTCATCCTTTAACTTTGGTTTAGACTGC < 1:2536868/91‑1 CATTCAAAGATTTAATGTGTTGGCATAATCTTTGAATGTTTTTTATTTTACTCTTCTAATTTTTCATCCTTTAACTTTGGTTTAGACTGCA > 1:3832106/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |