| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2236023 = | 92 (0.940) | 7 (0.080) | 5/142 | NT | 9.2% | intergenic (‑296/+51) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2236061 = | 56 (0.640) | intergenic (‑334/+13) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B | |||||
CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2236121‑2236023‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGACGT > USA300TCH1516_ALE/2236061‑2236149 CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTA > 1:2765938/1‑91CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTA < 1:1977366/91‑1 GTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAG < 1:3000825/91‑1 GTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGAC < 1:1646429/91‑1 TGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACA > 1:1167219/1‑91 TGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACA < 1:1766649/91‑1 TGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACA < 1:2408986/91‑1 TGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACA < 1:2408174/91‑1 TGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACA < 1:2408922/91‑1 GGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAG < 1:4050577/91‑1 GGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAG < 1:2269751/91‑1 AACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTTTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCT < 1:3479543/91‑1 ACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTT < 1:2213467/91‑1 TCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACA > 1:665160/1‑91 TCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACA > 1:3775373/1‑91 CTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACAC > 1:1965476/1‑91 TGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACG > 1:1015309/1‑91 TGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACG > 1:549480/1‑91 CATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTC < 1:1948934/91‑1 ATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCC > 1:445155/1‑91 AGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTT > 1:1006805/1‑91 GACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTT > 1:1269137/1‑91 AGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGA > 1:1723801/1‑91 AGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGA < 1:1705386/91‑1 AGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACCTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGA < 1:4136006/91‑1 GCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGAC > 1:615358/1‑91 TTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGACGT < 1:3420445/91‑1 CGTGTGGAACGTTTCAACAAAAAGTTTGGTCTTAAATCAAACAACTAATATAGTAATCGTTAAGCTGTCTGCATCCTATAATGGAATTGTAGACAGCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2236121‑2236023‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agacagcttAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGTTCCACACGTCCATCCGCAGCAGCGAATTTTTGACGT > USA300TCH1516_ALE/2236061‑2236149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |