| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2236023 = | 92 (0.940) | 7 (0.080) | 5/142 | NT | 9.2% | intergenic (‑296/+51) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2236061 = | 56 (0.640) | intergenic (‑334/+13) | tdk/rpmE2 | Thymidine kinase/50S ribosomal protein L31 type B | |||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
AATTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAGCTTAACGATTACTATATTAGTTGTTTGATTTAAGACCAAACTTTTTGTTGAAACGT > USA300TCH1516_ALE/2235933‑2236113 | aaTTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATaaaaa < 1:3340868/91‑1 (MQ=255)aaTTTATCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTGGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATaaaaa < 1:3582127/91‑1 (MQ=255) acgtcaaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttaa < 1:3420445‑M1/2‑1 (MQ=255) tcaaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaggtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCt < 1:4136006‑M1/5‑1 (MQ=255) tcaaaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCt > 1:1723801‑M1/87‑91 (MQ=255) tCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGt > 1:2821870/1‑91 (MQ=255) tCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGt > 1:2821958/1‑91 (MQ=255) tCATTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGt > 1:2132310/1‑91 (MQ=255) aaaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTc > 1:1269137‑M1/84‑91 (MQ=255) aaattcgctgctgcggatggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCt > 1:1006805‑M1/83‑91 (MQ=255) aTTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCt < 1:3582746/91‑1 (MQ=255) aTTATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCt < 1:1522898/91‑1 (MQ=255) ttATGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTa < 1:581347/91‑1 (MQ=255) aTGTATTAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACa < 1:994467/91‑1 (MQ=255) 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tAACAACATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCa < 1:591595/91‑1 (MQ=255) aacaacATGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCAt < 1:2895813/91‑1 (MQ=255) acaacaTGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCAtt < 1:1052719/91‑1 (MQ=255) caacaTGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATta < 1:2693653/91‑1 (MQ=255) acaTGGTATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATtata > 1:1320407/1‑91 (MQ=255) ggacgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGAt > 1:445155‑M1/65‑91 (MQ=255) tATTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGc > 1:910072/1‑91 (MQ=255) cgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCa > 1:1015309‑M1/62‑91 (MQ=255) cgtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCa > 1:549480‑M1/62‑91 (MQ=255) aTTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCa > 1:1812492/1‑91 (MQ=255) aTTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCa > 1:1812512/1‑91 (MQ=255) aTTGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCa > 1:3371693/1‑91 (MQ=255) ttGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAg < 1:1459916/91‑1 (MQ=255) ttGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAg < 1:1111286/91‑1 (MQ=255) ttGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAg > 1:1419466/1‑91 (MQ=255) gtgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAg > 1:1965476‑M1/61‑91 (MQ=255) tgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGa > 1:3775373‑M1/60‑91 (MQ=255) tgtggaacgtttcaacaaaaagtttggtcttaaatcaaacaactaatatagtaatcgttAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGa > 1:665160‑M1/60‑91 (MQ=255) tGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGCAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGa < 1:1525884/91‑1 (MQ=255) tGAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGCAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGa < 1:1524973/91‑1 (MQ=255) gAGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGAc > 1:2172405/1‑91 (MQ=255) aGTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACa > 1:1118545/1‑91 (MQ=255) gTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAg > 1:2408637/1‑91 (MQ=255) gTCACTTCTTTGAACACAGTCGTAAGTATATACCCTTACTACGCTTATAAATAAAAAAGCTGTCTACAATTCCATTATAGGATGCAGACAg > 1:2408820/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |