New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2255601 | 95 (0.970) | 7 (0.080) | 5/142 | NT | 7.5% | intergenic (‑279/‑36) | deoC2/deoD1 | Deoxyribose‑phosphate aldolase 2/Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1 |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2255626 | 89 (1.020) | intergenic (‑304/‑11) | deoC2/deoD1 | Deoxyribose‑phosphate aldolase 2/Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1 |
GAACGATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2255503‑2255601 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgttatcttCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAAAATA < USA300TCH1516_ALE/2255626‑2255537 GAACGATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAAT > 1:1497159/1‑91 AACGATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATG > 1:2057239/1‑91 AACGATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATG > 1:396160/1‑91 AACGATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATG > 1:2945267/1‑91 AACGATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATG > 1:295952/1‑91 ACGATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGT > 1:2382094/1‑91 ACGATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGT > 1:2381741/1‑91 ACGATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGT > 1:1410412/1‑91 ACGATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGT > 1:1410192/1‑91 GATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAAGTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTA > 1:3860838/1‑91 GATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAAATCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTA > 1:3862014/1‑91 GACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCT < 1:2882101/91‑1 GACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCT < 1:2881881/91‑1 GACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCT < 1:2198537/91‑1 GACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCT < 1:2520673/91‑1 ACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTT > 1:744258/1‑91 ACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTT > 1:744348/1‑91 TATTTTTAT‑ATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAA < 1:2030708/91‑1 TATTTTTAT‑ATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAA < 1:2030741/91‑1 TTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGAT < 1:2297557/91‑1 ATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAAC < 1:823347/91‑1 AATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACAT < 1:1398242/91‑1 AATTCTTTAATTATATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACAT < 1:1398254/91‑1 GCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTAC < 1:40018/91‑1 TGTTATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTA > 1:1115735/1‑91 GTTATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATCGAATTAAAGAATTAT > 1:4018321/1‑91 ATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAA < 1:2133116/91‑1 ATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAA < 1:3905674/91‑1 ATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAA > 1:164247/1‑91 ATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAA > 1:1645876/1‑91 ATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAA > 1:164809/1‑91 ATCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAA < 1:2048764/91‑1 TCTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAAA < 1:694600/91‑1 CTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTACGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAAAA < 1:2308045/91‑1 CTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAAAA > 1:3522995/1‑91 CTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAAAA > 1:3968891/1‑91 CTTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAAAA > 1:1854925/1‑91 TTCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAAAAT > 1:1198537/1‑91 TCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAAAATA < 1:3950068/91‑1 TCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAAAATA < 1:3950385/91‑1 GAACGATGACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2255503‑2255601 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgttatcttCTCCTTAATATTCATTAATAATTTTAAGATAACATTTGTTTCCCTTTTTTGCGAATTTTTGTACTATAGAATTAAAGAATTATAAAAATA < USA300TCH1516_ALE/2255626‑2255537 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |