| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2255601 | 95 (0.970) | 7 (0.080) | 5/142 | NT | 7.5% | intergenic (‑279/‑36) | deoC2/deoD1 | Deoxyribose‑phosphate aldolase 2/Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2255626 | 89 (1.020) | intergenic (‑304/‑11) | deoC2/deoD1 | Deoxyribose‑phosphate aldolase 2/Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1 | |||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
ACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAGTAAAAATTGCTAAAACAG > USA300TCH1516_ALE/2255511‑2255691 | aCTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTT > 1:744258‑M1/1‑91 (MQ=255) cTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTa > 1:52909/1‑91 (MQ=255) tGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTaaa > 1:41657/1‑91 (MQ=255) tGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTaaa > 1:1293182/1‑91 (MQ=255) acaacaAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAat < 1:882590/91‑1 (MQ=255) acaacaAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAat > 1:3875753/1‑91 (MQ=255) acaacaAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAat < 1:250372/91‑1 (MQ=255) caacaaGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGCGAAACAAATGTTATCTTAGAatt < 1:3281664/91‑1 (MQ=255) caaGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAattatt > 1:3232985/1‑91 (MQ=255) caaGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAattatt > 1:610313/1‑91 (MQ=255) caaGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAattatt < 1:2340079/91‑1 (MQ=255) caaGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAattatt < 1:2340175/91‑1 (MQ=255) aGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAATGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTaa > 1:3334131/1‑91 (MQ=255) aGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTaa > 1:2771215/1‑91 (MQ=255) aGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTaa > 1:335657/1‑91 (MQ=255) aGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTaa > 1:2908505/1‑91 (MQ=255) gCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAAt < 1:2970482/91‑1 (MQ=255) cTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATg < 1:618904/91‑1 (MQ=255) cTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATg < 1:597740/91‑1 (MQ=255) cTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATg < 1:2959806/91‑1 (MQ=255) aaTCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGaa > 1:252860/1‑91 (MQ=255) aaTCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGaa > 1:1730569/1‑91 (MQ=255) aTCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAat > 1:3663894/1‑91 (MQ=255) cAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAatat < 1:546562/91‑1 (MQ=255) cAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAatat < 1:806560/91‑1 (MQ=255) cAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAatat < 1:767908/91‑1 (MQ=255) cAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAatat > 1:4048382/1‑91 (MQ=255) gATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTaa > 1:204610/1‑91 (MQ=255) gATTATATTATTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGGATATTaa > 1:2081659/1‑91 (MQ=255) atatTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGgag > 1:1687996/1‑91 (MQ=255) atatTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATACTAAGgag > 1:2075086/1‑91 (MQ=255) tatTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGa < 1:3950068‑M2/91‑2 (MQ=255) tatTTTTAT‑ATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTctccttaatattcattaataattttaa < 1:2030708‑M1/91‑28 (MQ=255) atTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaa > 1:1198537‑M2/1‑89 (MQ=255) tttttATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaag > 1:3968891‑M2/1‑88 (MQ=255) tttttATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaag > 1:3522995‑M2/1‑88 (MQ=255) tttATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTctccttaatattcattaataattttaagat < 1:2297557‑M1/91‑31 (MQ=255) tttATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaagat < 1:2048764‑M2/91‑6 (MQ=255) tttATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaagat > 1:1645876‑M2/1‑86 (MQ=255) tttATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaagat < 1:3905674‑M2/91‑6 (MQ=255) tttATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaagat > 1:164809‑M2/1‑86 (MQ=255) ataATTCTTTAATTCGATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaagataac > 1:4018321‑M2/1‑83 (MQ=255) taATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaagataaca > 1:1115735‑M2/1‑82 (MQ=255) aaTTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTctccttaatattcattaataattttaagataacat < 1:1398242‑M1/91‑36 (MQ=255) aaTTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACaa < 1:1031159/91‑1 (MQ=255) ttCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAAt < 1:3784141/91‑1 (MQ=255) cTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGa > 1:2582400/1‑91 (MQ=255) cTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGa > 1:3094744/1‑91 (MQ=255) tttAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGAc < 1:1824936/91‑1 (MQ=255) tttAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGAc > 1:1014003/1‑91 (MQ=255) tttAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGAc < 1:2755222/91‑1 (MQ=255) tAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACaa < 1:1921539/91‑1 (MQ=255) tAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACaa < 1:3442124/91‑1 (MQ=255) tAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACaa < 1:50810/91‑1 (MQ=255) aaTTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACaaa < 1:1982722/91‑1 (MQ=255) aaTTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACaaa < 1:1391550/91‑1 (MQ=255) aaTTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATCATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACaaa < 1:3498648/91‑1 (MQ=255) aTTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACaaaa > 1:1946707/1‑91 (MQ=255) tCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAgg > 1:3385162/1‑91 (MQ=255) ataGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTac < 1:3835516/91‑1 (MQ=255) taGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTaca < 1:1575280/91‑1 (MQ=255) gTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaagataacatttgtttcccttttttgc < 1:40018‑M2/91‑28 (MQ=255) tACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTAcacca < 1:1415955/91‑1 (MQ=255) tACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTAcacca < 1:2913023/91‑1 (MQ=255) aCAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTAcaccac > 1:3092027/1‑91 (MQ=255) aaaTTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACatat < 1:2780511/91‑1 (MQ=255) cGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAAc > 1:2146750/1‑91 (MQ=255) cGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAAc > 1:2147234/1‑91 (MQ=255) gCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAAcc > 1:2805419/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCaa < 1:3912718/91‑1 (MQ=255) aaaaaGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCaaa > 1:3562327/1‑91 (MQ=255) aaaaaGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCaaa > 1:4071806/1‑91 (MQ=255) aaaaaGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCaaa > 1:2695450/1‑91 (MQ=255) gggAAACTAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAATCAAATGGAg < 1:2082937/91‑1 (MQ=255) gggAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAg < 1:2289549/91‑1 (MQ=255) ggAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAGt < 1:3675547/91‑1 (MQ=255) aaaCAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAGTaa > 1:939184/1‑91 (MQ=255) aaaCAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAGTaa > 1:2783653/1‑91 (MQ=255) aCAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAGTaaaa > 1:493187/1‑91 (MQ=255) aaTGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAGTAAAAAtt < 1:727105/91‑1 (MQ=255) aTGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatataattaaagaatt < 1:1398254‑M2/91‑57 (MQ=255) aTGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaatt < 1:1398242‑M2/91‑57 (MQ=255) tGTTATCTTctccttaatattcattaataattttaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaatta > 1:1115735‑M1/1‑9 (MQ=255) tGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAGTAAAAATTGc < 1:690876/91‑1 (MQ=255) gTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaattat < 1:823347‑M2/91‑59 (MQ=255) ttATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAGTAAAAATTGCTa > 1:1906053/1‑91 (MQ=255) ttATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAGTAAAAATTGCTa < 1:1527298/91‑1 (MQ=255) aTCTTctccttaatattcattaataattttaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaattataaa < 1:2133116‑M1/91‑87 (MQ=255) aTCTTctccttaatattcattaataattttaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaattataaa > 1:1645876‑M1/1‑5 (MQ=255) aTCTTctccttaatattcattaataattttaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaattataaa > 1:164247‑M1/1‑5 (MQ=255) aTCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAGTAAAAATTGCTaaa > 1:3058679/1‑91 (MQ=255) tcttctccttaatattcattaataattttaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaattataaaa < 1:694600‑M1/91‑88 (MQ=255) tCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAGTAAAAATTGCTaaaa < 1:2856172/91‑1 (MQ=255) cttctccttaatattcattaataattttacgataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaattataaaaa < 1:2308045‑M1/91‑89 (MQ=255) cttctccttaatattcattaataattttaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaattataaaaa > 1:1854925‑M1/1‑3 (MQ=255) cttctccttaatattcattaataattttaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaattataaaaa > 1:3968891‑M1/1‑3 (MQ=255) ttctccttaatattcattaataattttaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaattataaaaat > 1:1198537‑M1/1‑2 (MQ=255) ttAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaatataaaaata < 1:2030708‑M2/91‑65 (MQ=255) ttAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaatataaaaata < 1:2030741‑M2/91‑65 (MQ=255) tctccttaatattcattaataattttaagataacatttgtttcccttttttgcgaatttttgtactatagaattaaagaattataaaaata < 1:3950385‑M1/91‑91 (MQ=255) | ACTTGACAACAAGCTAATCAGGATTATATTTTTATAATTCTTTAATTCTATAGTACAAAAATTCGCAAAAAAGGGAAACAAATGTTATCTTAAAATTATTAATGAATATTAAGGAGAAGATAACAAATGACAAAAGGTACACCACATATTCAACCAAATGGAGTAAAAATTGCTAAAACAG > USA300TCH1516_ALE/2255511‑2255691 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |