| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2256396 = | 75 (0.760) | 17 (0.210) | 8/132 | NT | 20.7% | intergenic (+49/+72) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2256443 = | 68 (0.840) | intergenic (+96/+25) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2256499‑2256396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACA > USA300TCH1516_ALE/2256443‑2256532 ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA > 1:1345200/1‑91ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAA > 1:1345257/1‑91 ATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGT < 1:2018183/91‑1 ATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCAAGAATGT > 1:2071840/1‑91 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTGATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 1:3864977/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 1:3585884/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 1:2151576/91‑1 TGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGT < 1:463921/91‑1 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG < 1:3071386/91‑1 GATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTG > 1:2965420/1‑91 GTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACACCCAGAATGTGTTGGCT < 1:1209846/91‑1 TAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAA > 1:797044/1‑91 CAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATC > 1:419577/1‑91 ACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCA > 1:4124838/1‑91 ATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTA > 1:1223000/1‑91 ATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTA > 1:1223360/1‑91 TAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAT > 1:2699602/1‑91 TAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAT > 1:2699818/1‑91 TAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAT > 1:2766446/1‑91 AAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATG > 1:422384/1‑91 AAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATG > 1:3290459/1‑91 AAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATG > 1:2527306/1‑91 AAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATG > 1:421686/1‑91 AAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATATGTAGACTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATG > 1:3526281/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 1:3613063/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 1:1274084/1‑91 AATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGT > 1:1274085/1‑91 TGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTT > 1:426047/1‑91 GTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCAT < 1:1354933/91‑1 GTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCAT < 1:1643516/91‑1 TGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATA > 1:1216644/1‑91 TGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATA > 1:706994/1‑91 TGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATA > 1:3598645/1‑91 TGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATA > 1:3598581/1‑91 TGTTGGCTTGTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATA < 1:3976763/91‑1 TGTTGGCTTGTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATA < 1:3976909/91‑1 TGTTGGCTTATATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATA < 1:3977917/91‑1 TTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACC < 1:3094827/91‑1 TTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACC < 1:2064730/91‑1 TTGGCTTCTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACC < 1:2066327/91‑1 TGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCT < 1:1929887/91‑1 TGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCT < 1:847402/91‑1 GGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTA < 1:1357202/91‑1 GGCGTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTA < 1:3339137/91‑1 TATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATGCCTATAAACA > 1:3234637/1‑91 TATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACA < 1:1988783/91‑1 ATAATTGGATGTTTAAATCTTACTTAAGCTAATCTACAGATAAGTAATAATATAAATAAAAGCCAACACATAAATGGGGATACGCCCAGAATGTGTTGGCTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2256499‑2256396‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACA > USA300TCH1516_ALE/2256443‑2256532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |